Get nième lecture du chromosome MTH dans un fichier van

Question

Je suis actuellement en utilisant htslib (bien que je pourrais utiliser bamtools aussi) et je suis en mesure d'obtenir consécutive lit par quelque chose comme this mais je suis curieux de voir comment je pourrais modifier ce code pour obtenir le nième lecture du chromosome mth plutôt que de lire à travers elle consécutivement. Est-ce possible?

Answer 1

Vous pouvez accéder directement au chromosome m, mais vous devrez rechercher linéairement la n ème lecture.

Au lieu de sam_read1() et donné un htsFile * (bamFile) correspondant à un fichier nommé bamFileName, on pourrait:

hts_idx_t *idx = sam_index_load(bamFile, bamFileName); 
hts_itr_t *itr = sam_itr_queryi(idx, m, 0, hdr->targetLen[m]); 

Ensuite, utilisez sam_itr_next(bamFile, itr, b) pour obtenir des alignements successifs b, qui est un bam1_t*.