2013-04-13 2 views
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J'essaye de charger un ontology en Protégé mais il n'est pas traité comme prévu. Le plus problématique est que toutes les propriétés d'objet et de données apparaissent sous forme d'annotation au lieu de propriété de données et propriété d'objet.OWL ObjectProperty chargement comme annotation dans Protégé

J'ai un objet propriété royaume:

<owl:ObjectProperty rdf:about="&wo;kingdom"> 
    <rdfs:label xml:lang="en">kingdom</rdfs:label> 
    <rdfs:comment xml:lang="en">associates a taxon rank with a kingdom</rdfs:comment> 
    <vs:term_status>testing</vs:term_status> 
    <rdfs:range rdf:resource="&wo;Kingdom"/> 
    <rdfs:domain rdf:resource="&wo;TaxonRank"/> 
</owl:ObjectProperty> 

/nature/life/Chordate#kingdom a la valeur /nature/life/Animal#kingdom pour que son royaume:

<wo:Phylum rdf:about="/nature/life/Chordate#kingdom"> 
    <rdfs:label>Vertebrates</rdfs:label> 
    <wo:kingdom rdf:resource="/nature/life/Animal#kingdom"/> 
</wo:Phylum> 

Cependant, protege, la propriété montre comme annotation. Je ne comprends pas pourquoi il n'apparaît pas comme une propriété d'objet au royaume.

enter image description here

Pourquoi est-ce?

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Je peux trouver le premier extrait de code dans l'ontologie (sérialisé comme RDF/XML) mais pas le second. Pourriez-vous me dire quel est le numéro de ligne? La première propriété d'objet que vous mentionnez ('royaume') apparaît correctement avec Protege 4.2 – loopasam

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Ceci est un lien du fichier rdf que j'utilise, https://dl.dropboxusercontent.com/u/108022472/index.rdf, Dans le fichier joint, j'ai seulement chargé assez pour voir le problème. J'ai chargé toutes les données nécessaires pour représenter cette personne http://www.bbc.co.uk/nature/life/Nephrurus, c'est-à-dire le royaume, animal, reptile. Si vous voyez l'individu avec le nom "Geckos" avec Type "Famille" et ayant IRI http://www.bbc.co.uk/nature/life/Gecko#family, il a toutes les propriétés de données et d'objets comme annotation qui est en fait le problème que je reçois. – Noor

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J'ai trouvé la personne suivante: '' dans le fichier, il n'y a cependant pas d'annotations attachées. Je ne trouve toujours pas le deuxième extrait de code non plus. – loopasam

Répondre

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Il semble que ce soit un bug dans Protege. Comment y remédier:

  • Ouvrez votre fichier index.rdf avec Protege, il faut un peu de temps pour importer certains fichiers.
  • Enregistrez l'ontologie au format RDF/XML, choisissez le dossier lorsque vous voulez le mettre et appelez-le ontology.owl. L'extension est importante, enregistrez-la en tant que fichier OWL.
  • Fermez Protege et rouvrez-le, ouvrez le fichier ontology.owl, vous devriez maintenant voir la propriété s'afficher correctement.

Pourquoi fait-il cela? Je crois que Protege est confus par le .rdf et interprète à tort les données.

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pour le " animalia "individu de type TaxonName, tous sauf wo: kingdomName apparaissent comme annotation – Noor

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L'ontologie utilise de manière ambiguë les mêmes propriétés que" scientificName ", elles sont déclarées en même temps comme propriétés d'annotation et propriétés de données. Vous devez transformer/supprimer les propriétés d'annotation afin de supprimer l'ambiguïté, cela devrait être possible en supprimant les blocs comme ' ...' du fichier OWL – loopasam

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Fonctionne-t-il réellement pour vous lorsque vous supprimez AnnotationProp la liberté? parce que pour moi, quand je supprime ni l'annotation apparaît maintenant parce que bien sûr je l'ai supprimé et même pas les propriétés de données – Noor

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Si vous trouvez que les propriétés de votre objet apparaissent comme des annotations, la solution est d'exporter en tant qu'ontologie. Cela transformera vos annotations en classes.

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Lorsque je sauvegarde mon ontologie au format RDF/XML, la propriété d'objet de l'instance devient annotations. Cependant, si l'ontologie est sauvegardée en tant que syntaxe de tortue, la propriété d'objet sera montrée normalement quand elle sera à nouveau ouverte avec protege.

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