graphiques Pie noeud Cytoscape

Question

J'ai une table de txt comme ceci:

column1: Source Node 
column2: Target Node 
column3: Edge attribute 
column4: Source Node attribute 

la 4ème colonne est une liste de nombres à virgule flottante comme ceci:

example: 0.01,0.8,0.1,0.9 

ces valeurs sont des valeurs de pourcentage (la la somme de toutes les valeurs dans une ligne est = 1), puisque tous les nœuds sont dérivés de conditions différentes. Ce que je voudrais avoir est un cluster dans lequel chaque nœud est un camembert, et la longueur d'arc de chaque tranche est les valeurs en pourcentage. Donc, dans l'exemple précédent, j'aurais un graphique à secteurs avec une longueur d'arc de 1%, 80%, 10%, 9%

Comment puis-je le faire? Si j'essaie de le définir dans les propriétés Image/Chart du menu Style, j'obtiens une erreur bizarre et les nœuds disparaissent du cluster. Y a-t-il un tutoriel? Quelque chose que je peux utiliser? J'utilise Cytoscape 3.3 Merci pour votre aide!

Mike

Answer 1

Il y a une application appelée EnhancedGraphics pour montrer des graphiques dans les noeuds. Les applications Cytoscape sont distribuées via son App Store. Celui-ci ajoute des fonctionnalités comme les dégradés et les graphiques. Vous pouvez aller sur apps.cytoscape.org et rechercher des extensions.

http://apps.cytoscape.org/apps/enhancedgraphics

Ajout d'un tableau à un nœud est simple:

Créer une nouvelle colonne de texte dans la table de noeud Ajouter les instructions de tableau (voir ci-dessous pour les échantillons) Mettre en place un style visuel qui utilise la colonne vous avez créé un mappage passthrough pour l'un des styles CustomGraphics.

Quelques exemples des instructions du tableau:

gradients, des graphiques de base, les CIRCOS et les étiquettes

Notez que les valeurs peuvent être fournis soit par un liste_de_valeurs ou par un AttributeList. Les couleurs peuvent être par mot-clé ou en fournissant une couleur pour les valeurs supérieures à zéro, à zéro ou inférieures à zéro. Plus de documentation est en cours de préparation et le développement d'une interface utilisateur pour créer ces colonnes est en cours.