2017-10-20 3 views
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J'ai un dendrogramme avec des étiquettes de feuilles et de nœuds (class = phylo, lu avec read.tree). Après avoir converti cette classe en dendrogramme, les étiquettes des nœuds ne sont plus présentes. Cependant, je voudrais tracer le dendrogramme en montrant des étiquettes au-dessus de certains nœuds (c'est-à-dire sous la forme NODE_1 etc. au-dessus des clusters sélectionnés).Ajout d'étiquettes de nœuds à un diagramme de dendrogramme dans dendextend

Est-ce que quelqu'un sait comment puis-je obtenir des étiquettes de nœuds pour classer des classes et les ajouter à l'intrigue? Quelque chose de pareil, mais à la place des nombres, il y a des id-s ou des labels et seulement une sélection de nœuds ont les labels.

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Vous pouvez utiliser 'get_nodes_xy' mais je ne sais pas comment gérer la logique de stockage et dire à chaque nœud à tracer. –

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Je convertir votre dendrogramme à phylo classe avec as.phylo. Lorsque vous tracez, vous pouvez faire plot(phylo, show.node.label = TRUE).

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Merci pour la suggestion, mais il semble que le traçage comme phylo ne montre pas les échelles, pas si facile à tracer horizontalement et aussi je ne suis pas sûr que je peux utiliser color_branches() avec cette classe. –

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@Liis Kolberg Vous pouvez colorier vos branches phylo avec 'edge.color' et définir les couleurs que vous voulez. Avec la fonction 'add.scale.bar' vous pouvez tracer votre échelle. – patL