Comment modifier un graphique à barres empilées recto-verso

Question

J'utilise un diagramme à barres superposées pour afficher la dominance relative des espèces.

Le barchart est généré avec le code suivant:

RelDom <- RelDom[order(RelDom[,2]),] # rank by column A 
RelDom 

RelDom %>% 
    gather(LU, RD, -species) -> likert 
likert 

likert %>% 
    filter(LU=="A") %>% 
    arrange(RD) %>% .$species -> ind_order 
ind_order 


likert %>% 
    mutate(species=factor(species, levels=ind_order, ordered=TRUE)) %>% 
    mutate(LU=factor(LU, 
         levels=c("A", "C", "B"), ordered=F, 
         labels=c("A", "C", "B"))) -> lik 
lik 


tiff(file = "RD.tiff", height=10, width=20, units="in", res=300, compression="lzw") 
ggplot() + 
    geom_hline(yintercept=0, lwd=1) + 
    geom_bar(data=lik, width=.75, 
      stat="identity", position="stack", 
      aes(x=species, y=RD, fill=LU)) + 

    annotate("text", x = 2, y=-50, label = "Old", size=8) + 
    annotate("text", x = 2, y=70, label = "New", size=8) + 

    scale_x_discrete(limits = rev(levels(lik$species)),expand=c(0,0)) + 
    scale_fill_manual(values=c("darkgreen", "red","blue"), 
        drop=FALSE) + 
    scale_y_continuous(expand=c(0,0), 
        limits=c(-100, 200), 
        breaks=c(-100,-50,0,50,100), 
        labels=c("100","50","0","50","100")) + 
    coord_flip() + 
    xlab("Species") + 
    ylab("Relative Dominance") + 
    theme_bw() + 
    theme(legend.position = c(0.9, 0.1)) + 
    theme(legend.title = element_blank()) + 
    theme(legend.text = element_text(colour="black", size = 14)) + 
    theme(legend.background = element_rect(fill="white", size=0.5, linetype="solid", colour ="black")) + 
    theme(axis.title.x = element_text(vjust=0.5,face="bold", size=16), 
     axis.text.x = element_text(vjust=4, size=14)) + 
    theme(axis.title.y = element_text(angle=90, vjust=0.70, face="bold", size=18), 
     axis.text.y = element_text(size=14)) + 
    theme(panel.grid.minor=element_blank()) + 
    theme(panel.grid.major.y = element_blank()) + 
    theme(panel.grid=element_blank()) + 
    theme(panel.border = element_rect(size=1, color = "black")) + 
    theme(plot.margin = unit(c(0.2,0.9,0.3,0.2),"lines")) 
dev.off() 

La figure se présente comme suit:

Maintenant, au lieu du bleu et rouge étant empilés horizontalement, je voudrais chaque colonne bleue doit être directement au-dessus d'une colonne rouge respective. Cela devrait être fait de sorte que les deux colonnes bleues et rouges ne soient que la moitié de leur largeur actuelle, de sorte que, combinées, elles correspondent à la largeur de la colonne verte.

De plus, j'ai du mal à faire afficher la légende dans l'ordre vert, bleu et rouge.

Merci d'avance pour tout conseil.

Ce sont les données reproductibles: dput (RelDom):

structure(list(species = structure(c(1L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 
13L, 14L, 15L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L), .Label = c("Sp1", "Sp10", 
"Sp11", "Sp12", "Sp13", "Sp14", "Sp15", "Sp2", "Sp3", "Sp4", 
"Sp5", "Sp6", "Sp7", "Sp8", "Sp9"), class = "factor"), A = c(-73.55, 
-72.42, -35.62, -12.45, -8.89, -7.26, -6.6, -6.42, -6.02, -5.26, 
-4.59, -4.31, -3.53, -3.25, -2), B = c(64.54, 88.06, 39.57, 14.64, 
6.6, 10.55, 3.87, 7.35, 5.09, 1.88, 6.84, 10.34, 2.17, 2.36, 
1.36), C = c(47.35, 78.55, 39.35, 21.96, 6.25, 7.64, 3.28, 8.94, 
3, 6.04, 5.16, 3.63, 5.42, 12.34, 5.03)), .Names = c("species", 
"A", "B", "C"), row.names = c(NA, 15L), class = "data.frame") 

Answer 1

si je comprends bien, vous souhaitez que les barres bleues et vertes pour être côte à côte alors que le vert devrait être sur la même position que maintenant .

Créer deux geom_bar sans A et dodge, et un avec seulement A et stack. Pour l'ordre des couleurs dans la légende, si vous souhaitez que la légende soit A, B, C, changez l'ordre des niveaux dans LU. Je suppose que ce n'est pas ce que vous voulez dire, puisque vous sur l'utilisation de fin de cette ligne:

.... 
mutate(LU=factor(LU, 
         levels=c("A", "C", "B"), ordered=F, 
         labels=c("A", "C", "B"))) -> lik 

donc je suppose que vous voulez C être blue et B, red changer juste la ligne color_fill_manual: scale_fill_manual(values=c("darkgreen", "blue", "red")

library(ggplot2) 
ggplot() + 
    geom_bar(data=lik[lik$LU!="A",], width=.75, 
      stat="identity", position="dodge", 
      aes(x=species, y=RD, fill=LU)) + 
    geom_bar(data=lik[lik$LU=="A",], width=.75, 
      stat="identity", position="stack", 
      aes(x=species, y=RD, fill=LU)) + 
    geom_hline(yintercept=0, lwd=1) + 
    annotate("text", x = 2, y=-50, label = "Old", size=8) + 
    annotate("text", x = 2, y=70, label = "New", size=8) + 

    scale_x_discrete(limits = rev(levels(lik$species)),expand=c(0,0)) + 
    scale_fill_manual(values=c("darkgreen", "blue", "red"), 
        drop=FALSE) + 
    scale_y_continuous(expand=c(0,0), 
        limits=c(-100, 200), 
        breaks=c(-100,-50,0,50,100), 
        labels=c("100","50","0","50","100")) + 
    coord_flip() + 
    xlab("Species") + 
    ylab("Relative Dominance") + 
    theme_bw() + 
    theme(legend.position = c(0.9, 0.1)) + 
    theme(legend.title = element_blank()) + 
    theme(legend.text = element_text(colour="black", size = 14)) + 
    theme(legend.background = element_rect(fill="white", size=0.5, linetype="solid", colour ="black")) + 
    theme(axis.title.x = element_text(vjust=0.5,face="bold", size=16), 
     axis.text.x = element_text(vjust=4, size=14)) + 
    theme(axis.title.y = element_text(angle=90, vjust=0.70, face="bold", size=18), 
     axis.text.y = element_text(size=14)) + 
    theme(panel.grid.minor=element_blank()) + 
    theme(panel.grid.major.y = element_blank()) + 
    theme(panel.grid=element_blank()) + 
    theme(panel.border = element_rect(size=1, color = "black")) + 
    theme(plot.margin = unit(c(0.2,0.9,0.3,0.2),"lines"))