Quels sont les atomes requis par calc_dihedral() de Biopython pour calculer les 3 angles dièdres?

Je veux calculer tous les trois angles dièdres dans un résidu.Quels sont les atomes requis par calc_dihedral() de Biopython pour calculer les 3 angles dièdres?

calc_dihedral(atom1, atom2, atom3, atom4) de Biopython nécessite des coordonnées vectorielles de quatre atomes comme arguments et renvoie une sortie d'une seule valeur. Je ne suis pas sûr de savoir lequel des trois angles de sortie représente. Veuillez indiquer quels atomes du résidu sont nécessaires pour calculer l'angle et dans quel ordre les coordonnées de l'atome doivent être indiquées dans la fonction en tant qu'arguments.

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2012-02-11 user1144004

L'angle dièdre est « rotatif » le long de la liaison des atomes 2 et 3 dans une chaîne de quatre atomes 1, 2, 3 et 4.

deux angles psi et phi dièdre sont utilisés dans les parcelles Ramachandran, et obtenir ceux-ci est facile dans Biopython - voir http://www.warwick.ac.uk/go/peter_cock/python/ramachandran/calculate/

Quels trois angles vous cherchez?

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2012-02-12 12:53:29 peterjc

Je cherche des angles de phi, de psi et d'omega. Est-ce que je ne peux pas utiliser la fonction calc_dihedral() de biopython dans ce but? – user1144004

Oui, si vous lui donnez les quatre atomes qui définissent l'angle dièdre oméga. – peterjc

Nous n'avons besoin que des atomes de squelette N, CA, C. Ainsi, pour la chaîne protéique, nous obtenons N, CA, C, N, CA, C, N, CA, C, N, CA, C.

nous devons les définir en plan, pour trouver l'angle dont nous avons besoin de deux plans (plan1: C, N, CA) (plan2: N, CA, C). nous négligeons le N, CA pour le premier résidu. Considérez les atomes en gras seulement. donc vous soumettez les atomes en gras (3 atomes d'un résidu et 4ème atome du second résidu.) Je ne connais pas d'oméga.

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2012-06-06 05:25:19 user1438869

Quels sont les atomes requis par calc_dihedral() de Biopython pour calculer les 3 angles dièdres?

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