agglomération agglomérative dans sklearn

Question

J'ai quelques données et aussi la matrice de distance par paires de ces points de données. Je veux les regrouper en utilisant le clustering agglomératif. Je lis que dans sklearn, nous pouvons avoir «précalculé» comme affinité et je suppose que c'est la matrice de distance. Mais je n'ai trouvé aucun exemple utilisant une affinité précalculée et une matrice de distance personnalisée. Toute aide sera appréciée. Appelons votre matrice de distance D

Answer 1

agg = AgglomerativeClustering(n_clusters=5, affinity='precomputed') 
agg.fit_predict(D) # Returns class labels. 

Si vous êtes intéressé à générer l'ensemble de la hiérarchie et la production d'un dendrogramme, API de scikit-learn enveloppe le scipy hierarchical clustering code. Il suffit d'utiliser le code scipy directement.