Objectif: créer un graphique radar au sein de python BokehQuelles sont les étapes pour créer un graphique radar dans Bokeh python?
Pour être utile c'est le type de graphique que je suis après:
I obtenu this chart example de Matplotlib qui pourrait être utile pour combler l'écart sur une solution , cependant je ne vois pas comment y arriver.
Ci-dessous est le plus proche exemple, je pourrais trouver un graphique radar utilisant Bokeh:
from collections import OrderedDict
from math import log, sqrt
import numpy as np
import pandas as pd
from six.moves import cStringIO as StringIO
from bokeh.plotting import figure, show, output_file
antibiotics = """
bacteria, penicillin, streptomycin, neomycin, gram
Mycobacterium tuberculosis, 800, 5, 2, negative
Salmonella schottmuelleri, 10, 0.8, 0.09, negative
Proteus vulgaris, 3, 0.1, 0.1, negative
Klebsiella pneumoniae, 850, 1.2, 1, negative
Brucella abortus, 1, 2, 0.02, negative
Pseudomonas aeruginosa, 850, 2, 0.4, negative
Escherichia coli, 100, 0.4, 0.1, negative
Salmonella (Eberthella) typhosa, 1, 0.4, 0.008, negative
Aerobacter aerogenes, 870, 1, 1.6, negative
Brucella antracis, 0.001, 0.01, 0.007, positive
Streptococcus fecalis, 1, 1, 0.1, positive
Staphylococcus aureus, 0.03, 0.03, 0.001, positive
Staphylococcus albus, 0.007, 0.1, 0.001, positive
Streptococcus hemolyticus, 0.001, 14, 10, positive
Streptococcus viridans, 0.005, 10, 40, positive
Diplococcus pneumoniae, 0.005, 11, 10, positive
"""
drug_color = OrderedDict([
("Penicillin", "#0d3362"),
("Streptomycin", "#c64737"),
("Neomycin", "black" ),
])
gram_color = {
"positive" : "#aeaeb8",
"negative" : "#e69584",
}
df = pd.read_csv(StringIO(antibiotics),
skiprows=1,
skipinitialspace=True,
engine='python')
width = 800
height = 800
inner_radius = 90
outer_radius = 300 - 10
minr = sqrt(log(.001 * 1E4))
maxr = sqrt(log(1000 * 1E4))
a = (outer_radius - inner_radius)/(minr - maxr)
b = inner_radius - a * maxr
def rad(mic):
return a * np.sqrt(np.log(mic * 1E4)) + b
big_angle = 2.0 * np.pi/(len(df) + 1)
small_angle = big_angle/7
p = figure(plot_width=width, plot_height=height, title="",
x_axis_type=None, y_axis_type=None,
x_range=(-420, 420), y_range=(-420, 420),
min_border=0, outline_line_color="black",
background_fill_color="#f0e1d2", border_fill_color="#f0e1d2",
toolbar_sticky=False)
p.xgrid.grid_line_color = None
p.ygrid.grid_line_color = None
# annular wedges
angles = np.pi/2 - big_angle/2 - df.index.to_series()*big_angle
colors = [gram_color[gram] for gram in df.gram]
p.annular_wedge(
0, 0, inner_radius, outer_radius, -big_angle+angles, angles, color=colors,
)
# small wedges
p.annular_wedge(0, 0, inner_radius, rad(df.penicillin),
-big_angle+angles+5*small_angle, -big_angle+angles+6*small_angle,
color=drug_color['Penicillin'])
p.annular_wedge(0, 0, inner_radius, rad(df.streptomycin),
-big_angle+angles+3*small_angle, -big_angle+angles+4*small_angle,
color=drug_color['Streptomycin'])
p.annular_wedge(0, 0, inner_radius, rad(df.neomycin),
-big_angle+angles+1*small_angle, -big_angle+angles+2*small_angle,
color=drug_color['Neomycin'])
# circular axes and lables
labels = np.power(10.0, np.arange(-3, 4))
radii = a * np.sqrt(np.log(labels * 1E4)) + b
p.circle(0, 0, radius=radii, fill_color=None, line_color="white")
p.text(0, radii[:-1], [str(r) for r in labels[:-1]],
text_font_size="8pt", text_align="center", text_baseline="middle")
# radial axes
p.annular_wedge(0, 0, inner_radius-10, outer_radius+10,
-big_angle+angles, -big_angle+angles, color="black")
# bacteria labels
xr = radii[0]*np.cos(np.array(-big_angle/2 + angles))
yr = radii[0]*np.sin(np.array(-big_angle/2 + angles))
label_angle=np.array(-big_angle/2+angles)
label_angle[label_angle < -np.pi/2] += np.pi # easier to read labels on the left side
p.text(xr, yr, df.bacteria, angle=label_angle,
text_font_size="9pt", text_align="center", text_baseline="middle")
# OK, these hand drawn legends are pretty clunky, will be improved in future release
p.circle([-40, -40], [-370, -390], color=list(gram_color.values()), radius=5)
p.text([-30, -30], [-370, -390], text=["Gram-" + gr for gr in gram_color.keys()],
text_font_size="7pt", text_align="left", text_baseline="middle")
p.rect([-40, -40, -40], [18, 0, -18], width=30, height=13,
color=list(drug_color.values()))
p.text([-15, -15, -15], [18, 0, -18], text=list(drug_color),
text_font_size="9pt", text_align="left", text_baseline="middle")
output_file("burtin.html", title="burtin.py example")
show(p)
Toute aide serait appréciée.
Votre code exemple est de [ici] (http://bokeh.pydata.org/en/latest/docs/gallery/burtin.html) droit? Je pense que bokeh n'a pas de support inbuild pour l'axe circulaire, donc vous devez construire le tout vous-même avec les primitives. – syntonym
Correct. Il est possible que [Holoviews] (http://holoviews.org/) ait des capacités de niveau supérieur construites au-dessus de Bokeh mais je ne suis pas sûr de l'avoir fait. Je serais certainement en faveur d'un meilleur soutien pour Bokeh de base pour cela, mais il n'y a pas eu une énorme demande perçue, et il y a beaucoup de priorités et pas assez de gens. Heureux d'aider tout nouveau contributeur qui veut travailler dessus plus tôt, cependant. – bigreddot