On dirait que vous vous demandez quels morceaux aller dans les fichiers.
Votre projet est-il une application Web? Dans ce cas vous utiliserez probablement le système d'organisation imposé par votre framework (Rails, Merb, Sinatra, etc.)
D'autres types de projets ont aussi leur propre structure typique que vous pouvez suivre. Par exemple. les gemmes sont généralement mises en place d'une certaine manière.
S'il s'agit d'une application de console, il n'y a pas de règle stricte. Habituellement, les gens ne mettent pas plus d'une classe ou d'un module dans un fichier. Vous pourriez avoir un fichier principal qui nécessite tous les autres.