Je veux télécharger le fichier raw fastq de RNAseq pour obtenir les valeurs d'expression génique. Mais GEO ne fournit que des formats .bed.gz et .wig.gz. Que puis-je faire pour obtenir les valeurs RPKM? Merci beaucoup!Comment obtenir la valeur de RPKM du dossier de lit ou des dossiers de perruque? Et quelle est la différence entre ces deux types de fichiers?
Pour calculer RPKM, vous devez (mappé) lire comme contenu dans les fichiers BAM/SAM ou même CRAM. Wiggle, BED et leurs dérivés tels que bigWiggle sont des versions compressées de ceux qui ne contiennent que la couverture (principalement utilisée pour le traçage), c'est-à-dire qu'ils ont perdu les informations de lecture nécessaires pour calculer et donc calculer les RPKM (ou FPKM/TPM).
L'approche standard consiste à démarrer à partir d'un fichier bam, à extraire les comptages de lectures pour les régions d'intérêt et à calculer RPKM, etc. Il existe de nombreux pipelines tels que this.
Si les fichiers Bam ne sont pas disponibles, GEO a généralement au moins les fichiers fastq bruts (ou fichiers sra qui peuvent être convertis en fastq) comme base pour le mappage afin d'obtenir un fichier bam. Jetez également un coup d'oeil à ArrayExpress, ils pourraient avoir les fichiers bruts pour ce projet, car il est en miroir GEO. Peut-être en guise d'avertissement, si vous avez l'intention de faire une analyse d'expression différentielle, vous devez partir des comptages bruts, pas des valeurs RPKM.