Remplacement rapide de NA - une erreur ou un avertissement

Question

J'ai un gros data.frame appelé "mat" de 49952 obs. de 7597 variables et j'essaie de remplacer les NA par des zéros. Voici et exemple comment mon data.frame ressemble à:

A B C E F D Q Z . . . 
1 1 1 0 NA NA 0 NA NA 
2 0 0 1 NA NA 0 NA NA 
3 0 0 0 NA NA 1 NA NA 
4 NA NA NA NA NA NA NA NA 
5 0 1 0 1 NA 0 NA NA 
6 1 1 1 0 NA 0 NA NA 
7 0 0 1 0 NA 1 NA NA 
. 
. 
. 

J'ai besoin d'un outil vraiment rapide pour les remplacer. Le résultat devrait ressembler à:

A B C E F D Q Z . . . 
1 1 1 0 0 0 0 0 0 
2 0 0 1 0 0 0 0 0 
3 0 0 0 0 0 1 0 0 
4 0 0 0 0 0 0 0 0 
5 0 1 0 1 0 0 0 0 
6 1 1 1 0 0 0 0 0 
7 0 0 1 0 0 1 0 0 
. 
. 
. 

J'ai déjà essayé lapply(mat, function(x){replace(x, is.na(x),0)}) - n'a pas fonctionné - mat[is.na(mat)] <- 0 - erreur et et peut-être trop lent - et aussi link - ne fonctionnait pas trop.

@Sotos m'a déjà conseillé plyr::rbind.fill(lapply(L, as.data.frame)) mais ça n'a pas marché, parce qu'il fait data.frame des observations 379485344 et 1 variable (qui est 49952x7597) donc je dois aussi trafnsform revenir. Y a-t-il une meilleure façon de faire cela?

La structure réelle de mon data.frame:

> str(mat) 
'data.frame': 49952 obs. of 7597 variables: 
$ 6794602 : num 1 NA NA NA NA 0 0 0 0 0 ... 
$ 1008667 : num NA 1 0 NA NA 0 0 0 0 0 ... 
$ 8009082 : num NA 0 1 NA NA NA NA NA NA NA ... 
$ 6740421 : num NA NA NA 1 NA 0 0 0 0 0 ... 
$ 6777805 : num NA NA NA NA 1 NA NA NA NA NA ... 
$ 1001682 : num NA NA NA NA NA 0 0 0 0 0 ... 
$ 1001990 : num NA NA NA NA NA 0 0 0 0 0 ... 
$ 1002541 : num NA NA NA NA NA 0 0 0 0 0 ... 
$ 1002790 : num NA NA NA NA NA 0 0 0 0 0 ... 

---

Note:

quand j'ai essayé mat[is.na(mat)] <- 0 il y avait un avertissement:

> mat[is.na(mat)] <- 0 
Warning messages: 
1: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = 0) : 
    invalid factor level, NA generated 
2: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = 0) : 
    invalid factor level, NA generated 
> nlevels(mat) 
[1] 0 

data.frame mat après l'utilisation mat[is.na(mat)] <- 0:

> str(mat) 
'data.frame': 49952 obs. of 7597 variables: 
$ 6794602 : num 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... 
$ 1008667 : num 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 ... 
$ 8009082 : num 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 ... 
$ 6740421 : num 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 ... 
$ 6777805 : num 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 ... 
$ 1001682 : num 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... 
$ 1001990 : num 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... 
$ 1002541 : num 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... 
$ 1002790 : num 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... 

Ainsi, les questions sont les suivantes:

1. est-il un autre moyen rapide pour remplacer le NA?
2. L'avertissement est-il un gros problème? Parce que les données après l'utilisation mat[is.na(mat)] <- 0 ressemble à ce que je veux, mais il y a trop de valeurs, donc je ne peux pas vérifier si elles vont bien.

Answer 1

les opérations suivantes:

mat %>% replace(is.na(.), 0) 

Answer 2

Si vous pensez que certaines de vos colonnes sont des facteurs, vous pouvez utiliser le code suivant pour les détecter et les remplacer par des valeurs numériques.

inx <- sapply(mat, inherits, "factor") 
mat[inx] <- lapply(mat[inx], function(x) as.numeric(as.character(x))) 

Ensuite, essayez ce qui suit.

mat[] <- lapply(mat, function(x) {x[is.na(x)] <- 0; x}) 
mat 

Et voici les données.

mat <- 
structure(list(A = c(1L, 0L, 0L, NA, 0L, 1L, 0L), B = c(1L, 0L, 
0L, NA, 1L, 1L, 0L), C = c(0L, 1L, 0L, NA, 0L, 1L, 1L), E = c(NA, 
NA, NA, NA, 1L, 0L, 0L), F = c(NA_real_, NA_real_, NA_real_, 
NA_real_, NA_real_, NA_real_, NA_real_), D = c(0L, 0L, 1L, NA, 
0L, 0L, 1L), Q = c(NA_real_, NA_real_, NA_real_, NA_real_, NA_real_, 
NA_real_, NA_real_), Z = c(NA_real_, NA_real_, NA_real_, NA_real_, 
NA_real_, NA_real_, NA_real_)), .Names = c("A", "B", "C", "E", 
"F", "D", "Q", "Z"), row.names = c("1", "2", "3", "4", "5", "6", 
"7"), class = "data.frame")