2016-09-06 4 views
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Je tente de créer une simulation en utilisant gromacs basé sur POPC128a.pdb et topol11885.top fichiers qui a 4 fois le nombre de POP et Sol tout en conservant tous les autres propriétés physiques. Essentiellement, créer un POPC512a.pdb et topol47540.top pour créer une simulation. Je sais comment utiliser editconf pour la taille de la boîte et quelques autres fonctionnalités, mais je suis nouveau à gromacs et j'ai regardé la documentation sur la façon de le faire en utilisant editconf et d'autres outils, mais je n'ai pas trouvé de réponse claire. Y a-t-il un moyen simple d'effectuer ces changements? Ou aurais-je besoin de faire ces fichiers .pdb et .top à partir de zéro?augmentation globale "taille" du fichier .pdb pour la simulation gromacs

Nous vous remercions de vos conseils.

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La balise "pdb-files" fait référence aux fichiers "Program Database" qui ne sont pas du tout liés au logiciel gromacs et au monde de la bioinfromatique. Le site Web de Researchgate pourrait être plus approprié.

Vous pouvez consulter la page Web gromacs resource/tutorial avec de nombreux liens utiles.

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Vous pouvez répliquer les coordonnées de votre système de simulation avec gmx genconf et éditer le fichier de topologie directement pour spécifier la composition modifiée.