trouver les lettres Captial dans la chaîne

Question

Je veux trouver les lettres Captial dans la chaque chaîne et en comptant combien sont là pour chaque chaîne par exemple

t = c("gctaggggggatggttactactGtgctatggactac", "gGaagggacggttactaCgTtatggactacT", "gcGaggggattggcttacG") 

ldply(str_match_all(t,"[A-Z]"),length) 

lors de l'application de la fonction ci-dessus ma sortie est

1 4 2 

Mais ma sortie de désir est

[1] G -1

[2] G -1 -1 C T -2

[3] G -2

Answer 1

Si vous étendez la réponse de docendo être votre exacte format demandé

lapply(stringr::str_extract_all(t, "[A-Z]"), 
     function(x) { 
     x = table(x) 
     paste(names(x), x, sep = "-") 
     }) 

# [[1]] 
# [1] "G-1" 
# 
# [[2]] 
# [1] "C-1" "G-1" "T-2" 
# 
# [[3]] 
# [1] "G-2" 

et comment je le ferais dans tidyverse

library(tidyverse) 
data = data.frame(strings = c("gctaggggggatggttactactGtgctatggactac", "gGaagggacggttactaCgTtatggactacT", "gcGaggggattggcttacG")) 
data %>% 
    mutate(caps_freq = stringr::str_extract_all(strings, "[A-Z]"), 
     caps_freq = map(caps_freq, function(letter) data.frame(table(letter)))) %>% 
    unnest() 
#        strings letters Freq 
# 1 gctaggggggatggttactactGtgctatggactac  G 1 
# 2  gGaagggacggttactaCgTtatggactacT  C 1 
# 3  gGaagggacggttactaCgTtatggactacT  G 1 
# 4  gGaagggacggttactaCgTtatggactacT  T 2 
# 5     gcGaggggattggcttacG  G 2 

Answer 2

Vous pouvez extraire toutes les lettres majuscules, puis calculer les fréquences avec la table:

library(stringr) 
lapply(str_extract_all(t, "[A-Z]"), table) 
# [[1]] 
# 
# G 
# 1 
# 
# [[2]] 
# 
# C G T 
# 1 1 2 
# 
# [[3]] 
# 
# G 
# 2