J'ai finalement résolu cette question, voici l'étape complète pour faire le faire fonctionner sur IntelliJ Idea sous Windows:
d'abord créer un projet SBT et assurez-vous de mettre la ligne suivante dans build.SBT:
libraryDependencies ++= Seq("com.github.fommil.netlib" % "all" % "1.1.1" pomOnly())
Actualisez le projet, après quoi vous devriez avoir les bibliothèques disponibles. Si cela ne fonctionne pas pour une raison quelconque, vous pouvez aller ici: http://repo1.maven.org/maven2/com/github/fommil/netlib/ et télécharger les ressources nécessaires pour votre système directement.
Copiez deux fois mkl_rt.dll et renommez les copies libblas3.dll et liblapack3.dll. Assurez-vous que vos dossiers contenant toute la DLL se trouvent dans la variable d'environnement PATH.
Enfin, allez à Run -> Modifier la configuration et les options VM mis:
-Dcom.github.fommil.netlib.BLAS=mkl_rt.dll