convertir S4 DataFrame des objets Rle en matrice clairsemée dans R

Question

Dans le langage R, j'ai un S4 DataFrame constitué d'éléments codés Rle. Les données peuvent être simulées en utilisant le code suivant

x = DataFrame(Rle(1:10),Rle(11:20),Rle(21:30)) 

Maintenant, je veux convertir cette trame de données à une matrice clairsemée du paquet Matrix. Sur un data.frame d'habitude, on peut faire

Matrix(x,sparse=TRUE) 

Cependant, cela ne fonctionne pas pour DataFrames, car il donne l'erreur suivante:

Matrix(x,sparse=TRUE) 

Error in as.vector(data) : no method for coercing this S4 class to a vector

Toutes les idées sur comment convertir entre les types de données d'une manière plutôt efficace?

Merci!

Answer 1

Je poste le answer de Michael Lawrence ici pour éviter le lien cassant. En outre, il fallait un petit correctif pour gérer le cas où un Rle se termine par zéro:

# Convert from Rle to one column matrix 
# 
setAs("Rle", "Matrix", function(from) { 
    rv <- runValue(from) 
    nz <- rv != 0 
    i <- as.integer(ranges(from)[nz]) 
    x <- rep(rv[nz], runLength(from)[nz]) 
    sparseMatrix(i=i, p=c(0L, length(x)), x=x, 
       dims=c(length(from), 1)) 
}) 


# Convert from DataFrame of Rle to sparse Matrix 
# 
setAs("DataFrame", "Matrix", function(from) { 
    mat = do.call(cbind, lapply(from, as, "Matrix")) 
    colnames(mat) <- colnames(from) 
    rownames(mat) <- rownames(from) 
    mat 
})