R + ggplot: traçage de séries chronologiques irrégulières

Question

J'ai des données sur un certain nombre de jours depuis un événement. Ces données sont échantillonnées irrégulièrement - mes points de temps sont comme 0, 5, 6, 10, 104 jours. Je n'ai pas d'informations précises sur la date, c'est-à-dire que je n'ai aucune idée quand, dans la vraie vie, l'événement que j'étudie a eu lieu. Je voudrais tracer, en utilisant ggplot, mes séries chronologiques. Je peux utiliser, dire

p <- ggplot(data,aes(x=time,y=expression)) 
p <- p + geom_point() 

mais bien sûr mes variables x-axes sont tracés à côté de l'autre, de sorte que la distance entre t = 10 et t = 104 est le même que t = 5 et t = 6 . Donc, je peux faire quelque chose comme

start <- ISOdate(2001, 1, 1, tz = "") 
data$time <- start + data$time*60*60*12 

qui fonctionne presque, mais maintenant les tiques sur mes x-axe sont horriblement temps de date inexactes. Je pourrais les reformater peut-être? Mais ne voit pas de toute façon faire le format "jours de départ". Et maintenant, je fais des recherches depuis un bon moment, avec le sentiment lancinant que je manque quelque chose de vraiment évident. Suis-je?

Answer 1

sons comme votre variable time est un facteur ou peut-être un vecteur de caractère, pas une valeur numérique! Si vous faites data$time <- as.numeric(data$time) il pourrait bien résoudre votre problème. Ggplot est très bon pour utiliser le bon type d'échelle pour le bon type de données. (Malheureusement, les routines d'importation de données dans R sont généralement moins intelligentes ...)

Answer 2

Vous ne savez pas si c'est ce que vous recherchez (voir this related question). Vous pouvez reformater l'axe et gérer l'irrégularité en utilisant les fonctions scale_x. Par exemple:

p <- qplot(1:3, 1:3, geom='line') 
p + scale_x_continuous("", breaks=1:3, 
     labels = as.Date(c("2010-06-03", "2010-06-04", "2010-06-07"))) 

Soit dit en passant, voici une fonction que j'ai créé pour tracer zoo à variables multiples objets:

qplot.zoo <- function(x) { 
    if(all(class(x) != "zoo")) stop("x must be a zoo object") 
    x.df <- data.frame(dates=index(x), coredata(x)) 
    x.df <- melt(x.df, id="dates", variable="value") 
    ggplot(x.df, aes(x=dates, y=value, group=value, colour=value)) + geom_line() + opts(legend.position = "none") 
}