Comment créer un diagramme à barres en R avec un écart-type cumulé?

Question

Je veux faire un graphique similaire à celui joint par Lindfield et al. 2016. Je suis familier avec la commande ggplot en R avec le format:

ggplot(dataframe, aes(x, y)) + geom_bar(stat = 'identity') 

Cependant, je ne sais pas comment faire une erreur se cumulatif pour un barplot empilés; un seul qui utilise une commande position_dodge.

Je sais qu'il y a des inconvénients à utiliser des barres empilées avec des erreurs, mais pour mon ensemble de données, il est plus présentable que d'utiliser les barres de barres désempilées.

Merci.

Answer 1

Je ne sais pas comment vous obtenez les erreurs standard cumulatives de manière appropriée (je suppose que cela dépend de la façon dont vos valeurs sont générées) mais je pense que vous devez faire les calculer et les stocker dans un second DF, par exemple si vous avez un data.frame initial créé comme ceci:

DF <- data.frame(x=c("a","a","b","b"), 
        sp=c("shark","cod","shark","cod"), 
        y=c(10,5,15,7), 
        stringsAsFactors=FALSE) 

où y est la valeur associée à chaque espèce à chaque point x, alors vous créer un deuxième DF contenant la partie inférieure et les limites supérieures de votre se pour chaque valeur de x, par exemple

seDF <- data.frame(x=c('a','b'), 
        yl=c(12,18), 
        yu=c(17,24), 
        stringsAsFactors=FALSE) 

Ensuite, vous pouvez créer votre parcelle avec:

ggplot() + 
geom_bar(data=DF, mapping=aes(x=x,y=y,fill=sp), 
      position="stack", stat="identity") + 
geom_linerange(data=seDF, mapping=aes(x=x, ymin=yl, ymax=yu)) 

je geom_linerange plutôt que geom_errorbar car il ne crée pas croisillons à chaque extrémité.