erreur de facteur/niveau dans le modèle mixte

Question

Je courais un modèle mixte sur quelque chose de semblable à ces données:

df<-data.frame(stage=c("a","a","a","a","b","b","b","b","c","c","c","c"), 
nematode=c("fn","fn","bn","bn","fn","fn","bn","bn","fn","fn","bn","bn"), 
id2=c(1,2,3,4,1,2,3,4,1,2,3,4), 
value=c(1,0,0,2,3,1,1,2,0,0,0,2)) 

Le modèle que je suis en train de répondre est:

stage.id <- function(x) round(summary(glmer(value ~ stage + (1 | id2),family="poisson", data = x))$coefficients[2, c(1, 2, 4)], 3) 
models.id0 <- ddply(tree2, .(stage, nematode), stage.id) 

Cependant, quand je exécuter cette commande, je reçois toujours une erreur:

Error in contrasts<- (*tmp* , value = contr.funs[1 + isOF[nn]]) : contrasts can be applied only to factors with 2 or more levels

qui ne fait pas de sens pour moi étant donné que je l'ai utilisé les NLEVELS() commande sur chacun des facteurs s (df $ stage et df $ nematode) et ils sont 3 et 2, respectivement. Quel est le sens de ce qui pourrait être de travers?

Answer 1

Vous avez stage comme un effet fixe dans votre modèle, mais vous essayez d'ajuster le modèle pour toutes les combinaisons de stage et nematode (ddply(tree2, .(stage, nematode), ...)). Ainsi, dans chaque segment des données, il n'y a qu'une seule valeur stage, ce qui provoque l'erreur.

Vous pouvez:

• appliquer seulement sur nematode valeurs, à savoir ddply(tree2,.(nematode), ...)
• laisser stage de votre modèle, à savoir adapter le modèle value ~ 1 + (1 | id2)

Selon votre commentaire ("mon objectif est de comparer les étapes pour chacun des types de nématodes.C'est à dire, pour chaque type de nématode (par exemple, bn) les étapes diffèrent "), vous voulez la première solution (appliquer uniquement sur nematode valeurs).