Compte le nombre d'occurrences de lettres dans une chaîne Python

J'ai donc une séquence d'ADN.Compte le nombre d'occurrences de lettres dans une chaîne Python

ACCAGAGCGGCACAGCAGCGACATCAGCACTAGCACTAGCATCAGCATCAGCATCAGC 
CTACATCATCACAGCAGCATCAGCATCGACATCAGCATCAGCATCAGCATCGACGACT 
ACACCCCCCCCGGTGTGTGTGGGGGGTTAAAAATGATGAGTGATGAGTGAGTTGTGTG 
CTACATCATCACAGCAGCATCAGCATCGACATCAGCATCAGCATCAGCATCGACGACT 
TTCTATCATCATTCGGCGGGGGGATATATTATAGCGCGCGATTATTGCGCAGTCTACG 
TCATCGACTACGATCAGCATCAGCATCAGCATCAGCATCGACTAGCATCAGCTACGAC

J'ai besoin de compter les bases.

Pour une raison quelconque, il peut parfois aussi alterner entre majuscules et minuscules dans la même chaîne.

Source

2009-11-15 y2k

Veuillez marquer les devoirs avec la balise [devoirs]. –

ce n'était pas hw BRO – y2k

Je pense que la question est parfaitement bien. Même si c'était les devoirs, c'est un problème intéressant. Pourquoi ne pas le demander ici? +1 de moi – lhk

for base in 'ACGT': 
    print base, thesequence.count(base) + thesequence.count(base.lower())

Source

2009-11-15 19:00:05

Merci père de tout coeur. – y2k

Par curiosité, y a-t-il une raison pour que vous ne fassiez pas le fichier sequence.lower(). Count (base.lower()) à la place? Je suppose que c'est pour le rendre plus rapide, mais je ne suis pas sûr à 100%. –

Ce n'est pas forcément plus rapide de cette façon, mais cela demande moins de mémoire. Puisque les séquences d'ADN peuvent être ** longues **, cela peut être important. – sth

Compte le nombre d'occurrences de lettres dans une chaîne Python

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