Erreur dans la bibliothèque (qdap): il n'y a pas de paquet appelé « qdap »

Question

J'ai installé qdap:

install.packages("qdap") 

Il faut un certain temps pour donwload tout, mais la console remplit tous les téléchargements et à la fin, je reçois un message comme celui-ci:

Warning in install.packages : 
    installation of package ‘qdap’ had non-zero exit status 

The downloaded source packages are in 
    ‘/tmp/RtmpeTzuKz/downloaded_packages’ 
> library(qdap) 
Error in library(qdap) : there is no package called ‘qdap’ 
> 

This SO poste m'a amené à essayer d'ajouter dependencies = TRUE mais la question reste.

est ici Info session

sessionInfo(): 
> sessionInfo() 
R version 3.4.0 (2017-04-21) 
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) 
Running under: Ubuntu 16.04.2 LTS 

Matrix products: default 
BLAS: /usr/lib/openblas-base/libblas.so.3 
LAPACK: /usr/lib/libopenblasp-r0.2.18.so 

locale: 
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8  LC_NUMERIC=C    LC_TIME=en_US.UTF-8  
[4] LC_COLLATE=en_US.UTF-8  LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 
[7] LC_PAPER=en_US.UTF-8  LC_NAME=C     LC_ADDRESS=C    
[10] LC_TELEPHONE=C    LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C  

attached base packages: 
[1] stats  graphics grDevices utils  datasets methods base  

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] compiler_3.4.0 tools_3.4.0 

Un autre message que j'ai trouvé hier (ne peut pas trouver de nouveau maintenant avec une recherche Google) a suggéré que je supprimer les fichiers existants qdap dans mon répertoire de la bibliothèque, fermez ma session, redémarrer et nouvelle installation. Il n'y avait pas de paquetage exactement appelé qdap mais certains avec qdap dans le nom que j'ai enlevé. Mon problème est resté, je suis incapable d'installer qdap.

Je ne suis pas sûr que d'autres informations à fournir? Toute aide appréciée.

Voici les erreurs générées lors d'une tentative d'installation qdap:

./configure: line 3736: /usr/lib/jvm/default-java/jre/bin/java: No such file or directory no configure: error: Java interpreter '/usr/lib/jvm/default-java/jre/bin/java' does not work ERROR: configuration failed for package ‘rJava’ * removing ‘/home/myname/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/rJava’ Warning in install.packages : installation of package ‘rJava’ had non-zero exit status ERROR: dependency ‘rJava’ is not available for package ‘openNLPdata’ * removing ‘/home/myname/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/openNLPdata’ Warning in install.packages : installation of package ‘openNLPdata’ had non-zero exit status ERROR: dependency ‘rJava’ is not available for package ‘xlsxjars’ * removing ‘/home/myname/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/xlsxjars’ Warning in install.packages : installation of package ‘xlsxjars’ had non-zero exit status ERROR: dependency ‘rJava’ is not available for package ‘venneuler’ * removing ‘/home/myname/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/venneuler’ Warning in install.packages : installation of package ‘venneuler’ had non-zero exit status ERROR: dependencies ‘openNLPdata’, ‘rJava’ are not available for package ‘openNLP’ * removing ‘/home/myname/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/openNLP’ Warning in install.packages : installation of package ‘openNLP’ had non-zero exit status ERROR: dependencies ‘rJava’, ‘xlsxjars’ are not available for package ‘xlsx’ * removing ‘/home/myname/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/xlsx’ Warning in install.packages : installation of package ‘xlsx’ had non-zero exit status ERROR: dependencies ‘openNLP’, ‘venneuler’, ‘xlsx’ are not available for package ‘qdap’ * removing ‘/home/myname/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/qdap’ Warning in install.packages : installation of package ‘qdap’ had non-zero exit status

Depuis cela ressemble à une question Rjava j'ai trouvé this poste et essayé haut voté réponse dans le terminal:

apt-get install r-cran-rjava 

Il en résultait:

E: Could not open lock file /var/lib/dpkg/lock - open (13: Permission denied) 
E: Unable to lock the administration directory (/var/lib/dpkg/), are you root? 

J'espère que theres un moyen de contourner thi s sans être un utilisateur root? Je ne suis pas aussi familier avec Linux. Je suis capable d'installer d'autres paquets p.

Answer 1

Il existe une solution à ce problème lorsque vous n'avez aucun accès root.

1. Télécharger Java (assurez-vous d'installer le JDK) et l'installer dans votre $ HOME

   Vous pouvez le faire en Java d'Oracle est juste un tar.gz

2. Assurez-vous de définir JAVA_HOME

   export JAVA_HOME=$HOME/opt/my_jdk_installation 
   

3. Une fois que vous avez Java vous devez reconfigurer R

   Il suffit de dire R où votre Java est

   R CMD javareconf \ 
   JAVA_HOME=${JAVA_HOME} \ 
   JAVA=${JAVA_HOME}/bin/java \ 
   JAVAC=${JAVA_HOME}/bin/javac \ 
   JAVAH=${JAVA_HOME}/bin/javah \ 
   JAR=${JAVA_HOME}/bin/jar \ 
   JAVA_LD_LIBRARY_PATH=${JAVA_HOME}/jre/lib/server \ 
   JAVA_CPPFLAGS="-I${JAVA_HOME}/include -I${JAVA_HOME}/include/linux" 
   

Depuis maintenant, R doit utiliser votre installation personnelle de Java. De cette façon, vous ne dépendez pas de l'administrateur système.