Je veux créer une nouvelle application Cytoscape pour analyser l'interaction de protéines, mais je ne sais pas si je peux utiliser python ou tout simplement java.puis-je utiliser python pour créer une application cytoscape?
Bonne question. Ceci est dans la portée de ce forum.
La réponse est "ça dépend". Les applications Cytoscape elles-mêmes doivent être Java (ou quelque chose qui s'exécute dans JVM, bien qu'il y ait seulement un support de documentation pour Java et les forums donneront les meilleurs conseils pour Java). Cependant, la Cyberinfrastructure Cytoscape (CI) permet des services basés sur Python (par exemple, le service Diffusion) appelés par des applications Cytoscape (par exemple, l'application Diffusion). Le service doit être déployé quelque part sur le Web (par exemple, dans un cluster Kubernetes).
Si vous souhaitez de l'aide pour cet itinéraire, vous trouverez un support enthousiaste ... s'il vous plaît envoyez un courriel le cytoscape-app-dev sur le forum googlegroups.com directement.
vous avez une idée sur le développement de cette application avec Java – layesim
Oui ... c'est une proposition en deux parties. Tout d'abord, créez une application Java minimale en suivant les étapes décrites dans Cytoscape App Ladder (http://wiki.cytoscape.org/Cytoscape_3/AppDeveloper/Cytoscape_App_Ladder). Ensuite, créez un service Web appelable (en utilisant cxmate ... pour les services basés sur Python, utilisez https://github.com/cxmate/cxmate-py). Demandez à l'application Java de passer un appel REST au service (https://stackoverflow.com/questions/3913502/restful-call-in-java). –
merci, je veux ajouter un autre algorithme de clustering à la source de code d'une application cytoscape – layesim
Des questions comme celle-ci sont hors-sujet pour ce site. S'il vous plaît lire [demander] avant de demander. –
Bienvenue sur stackoverflow.com. S'il vous plaît prenez le temps de lire [les pages d'aide] (http://stackoverflow.com/help), en particulier les sections intitulées "[Quels sujets puis-je poser à propos d'ici?] (Http://stackoverflow.com/help/on -topic) "et" [Quels types de questions devrais-je éviter de poser?] (http://stackoverflow.com/help/dont-ask) ". Aussi s'il vous plaît [faire le tour] (http://stackoverflow.com/tour) et lire sur [comment poser de bonnes questions] (http://stackoverflow.com/help/how-to-ask). Enfin, apprenez comment créer un [Exemple minimal, complet et vérifiable] (http://stackoverflow.com/help/mcve). – ArturFH