R coxph() Erreur: objet 'Ccoxmart' non trouvé

Question

Je reçois l'erreur suivante chaque fois que je lance un modèle Cox en utilisant le paquet de survie dans R. Cette erreur est survenue au cours des derniers jours. Pour illustrer l'erreur, je me sers d'une commande standard exemple qui est donné à https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/survival/html/coxph.html:

# Fit a stratified model, clustered on patients 
library(survival) 
bladder1 <- bladder[bladder$enum < 5, ] 
coxph(Surv(stop, event) ~ (rx + size + number) * strata(enum) + 
     cluster(id), bladder1) 

L'erreur que je reçois est comme suit:

Error in fitter(X, Y, strats, offset, init, control, weights = weights, : 
    object 'Ccoxmart' not found 

J'utilise la plus récente version de R [3.4. 0 (2017-04-21) - "Ténèbres stupides"].

J'ai essayé de consulter le manuel du paquet de survie pour R et j'ai fait des recherches sur internet. Je suis reconnaissant pour toute ressource ou solution que vous pourriez recommander.

Answer 1

Je peux confirmer cette erreur. C'est certainement quelque chose à voir avec la mise à jour de R 3.3.3 (Another Canoe) -> R 3.4.0 (You Dark Stupid). Tous les tests unitaires dans mon système fonctionnent correctement le vendredi, cassé lundi.

En outre, je rencontre également un problème avec "Ccoxph_wtest" introuvable. Doit être un problème similaire.

Je débuterai le débogage plus tard aujourd'hui et je vous ferai savoir ce que je trouve, mais pour l'instant si vous devez redémarrer, je vous suggère de revenir à R v3.3.3 (Another Canoe). J'ai réexécuté tous mes tests unitaires en utilisant la version 3.3.3 et tout va bien.

Voici le sessionInfo():

R version 3.3.3 (2017-03-06) 
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) 
Running under: Ubuntu 16.04.2 LTS 

locale: 
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8  LC_NUMERIC=C    
[3] LC_TIME=en_US.UTF-8  LC_COLLATE=en_US.UTF-8  
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 
[7] LC_PAPER=en_US.UTF-8  LC_NAME=C     
[9] LC_ADDRESS=C    LC_TELEPHONE=C    
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C  

attached base packages: 
[1] stats  graphics grDevices utils  datasets base 


R version 3.4.0 (2017-04-21) 
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) 
Running under: Ubuntu 16.04.2 LTS 

Matrix products: default 
BLAS: /usr/lib/atlas-base/atlas/libblas.so.3.0 
LAPACK: /usr/lib/atlas-base/atlas/liblapack.so.3.0 

locale: 
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8  LC_NUMERIC=C    
[3] LC_TIME=en_US.UTF-8  LC_COLLATE=en_US.UTF-8  
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 
[7] LC_PAPER=en_US.UTF-8  LC_NAME=C     
[9] LC_ADDRESS=C    LC_TELEPHONE=C    
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C  

attached base packages: 
[1] stats  graphics grDevices utils  datasets base  

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] compiler_3.4.0 

Ma solution a été de réinstaller le paquet de survie. Installez-le juste au-dessus de l'original. install.packages("survival").

Answer 2

Vous avez à réinstaller les paquets qui utilisent C ou Fortran en R 3.4.0:

update.packages(checkBuild=TRUE) 

Voir cette post

Packages which register native routines for .C or .Fortran need to be re-installed for this version (unless installed with R-devel SVN revision r72375 or later)