Le bloc-notes de Juypter ne trouve pas le noyau R sur la bêta publique El Capitan

Question

J'ai installé la version bêta d'El Capitan sur un ordinateur de rechange à des fins de test pour tenter d'identifier les problèmes potentiels avant que d'autres La version finale est sortie cet automne (Note: je peux naviguer autour d'Unix mais je suis loin d'un programmeur Mac). Les noyaux pour python 2 et 3 fonctionnent très bien, mais lorsque je tente de charger le noyau R Je reçois les messages suivants:

À partir de l'ordinateur portable Jupyter lui-même, je reçois:

Traceback (most recent call last): 
    File "/Users/test/anaconda/lib/python3.4/site-packages/IPython/html/base/handlers.py", line 365, in wrapper 
    result = yield gen.maybe_future(method(self, *args, **kwargs)) 
    File "/Users/test/anaconda/lib/python3.4/site-packages/IPython/html/services/sessions/handlers.py", line 53, in post 
    model = sm.create_session(path=path, kernel_name=kernel_name) 
    File "/Users/test/anaconda/lib/python3.4/site-packages/IPython/html/services/sessions/sessionmanager.py", line 66, in create_session 
    kernel_name=kernel_name) 
    File "/Users/test/anaconda/lib/python3.4/site-packages/IPython/html/services/kernels/kernelmanager.py", line 84, in start_kernel 
    kernel_name=kernel_name, **kwargs) 
    File "/Users/test/anaconda/lib/python3.4/site-packages/IPython/kernel/multikernelmanager.py", line 112, in start_kernel 
    km.start_kernel(**kwargs) 
    File "/Users/test/anaconda/lib/python3.4/site-packages/IPython/kernel/manager.py", line 240, in start_kernel 
    **kw) 
    File "/Users/test/anaconda/lib/python3.4/site-packages/IPython/kernel/manager.py", line 189, in _launch_kernel 
    return launch_kernel(kernel_cmd, **kw) 
    File "/Users/test/anaconda/lib/python3.4/site-packages/IPython/kernel/launcher.py", line 213, in launch_kernel 
    proc = Popen(cmd, **kwargs) 
    File "/Users/test/anaconda/lib/python3.4/subprocess.py", line 859, in __init__ 
    restore_signals, start_new_session) 
    File "/Users/test/anaconda/lib/python3.4/subprocess.py", line 1457, in _execute_child 
    raise child_exception_type(errno_num, err_msg) 
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'R' 

Et je reçois la suivre les messages d'erreur dans le terminal.

[E 19:44:58.862 NotebookApp] Unhandled error in API request 
    Traceback (most recent call last): 
     File "/Users/test/anaconda/lib/python3.4/site-packages/IPython/html/base/handlers.py", line 365, in wrapper 
     result = yield gen.maybe_future(method(self, *args, **kwargs)) 
     File "/Users/test/anaconda/lib/python3.4/site-packages/IPython/html/services/sessions/handlers.py", line 53, in post 
     model = sm.create_session(path=path, kernel_name=kernel_name) 
     File "/Users/test/anaconda/lib/python3.4/site-packages/IPython/html/services/sessions/sessionmanager.py", line 66, in create_session 
     kernel_name=kernel_name) 
     File "/Users/test/anaconda/lib/python3.4/site-packages/IPython/html/services/kernels/kernelmanager.py", line 84, in start_kernel 
     kernel_name=kernel_name, **kwargs) 
     File "/Users/test/anaconda/lib/python3.4/site-packages/IPython/kernel/multikernelmanager.py", line 112, in start_kernel 
     km.start_kernel(**kwargs) 
     File "/Users/test/anaconda/lib/python3.4/site-packages/IPython/kernel/manager.py", line 240, in start_kernel 
     **kw) 
     File "/Users/test/anaconda/lib/python3.4/site-packages/IPython/kernel/manager.py", line 189, in _launch_kernel 
     return launch_kernel(kernel_cmd, **kw) 
     File "/Users/test/anaconda/lib/python3.4/site-packages/IPython/kernel/launcher.py", line 213, in launch_kernel 
     proc = Popen(cmd, **kwargs) 
     File "/Users/test/anaconda/lib/python3.4/subprocess.py", line 859, in __init__ 
     restore_signals, start_new_session) 
     File "/Users/test/anaconda/lib/python3.4/subprocess.py", line 1457, in _execute_child 
     raise child_exception_type(errno_num, err_msg) 
    FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'R' 
[E 19:44:58.870 NotebookApp] { 
     "Accept-Language": "en-US,en;q=0.8", 
     "Content-Length": "72", 
     "Accept": "application/json, text/javascript, */*; q=0.01", 
     "Dnt": "1", 
     "X-Requested-With": "XMLHttpRequest", 
     "Content-Type": "application/x-www-form-urlencoded; charset=UTF-8", 
     "Origin": "http://localhost:8888", 
     "Referer": "http://localhost:8888/notebooks/Untitled4.ipynb?kernel_name=ir", 
     "Accept-Encoding": "gzip, deflate", 
     "Connection": "keep-alive", 
     "Host": "localhost:8888", 
     "User-Agent": "Mozilla/5.0 (Macintosh; Intel Mac OS X 10_11_0) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/43.0.2357.132 Safari/537.36" 
    } 
[E 19:44:58.870 NotebookApp] 500 POST /api/sessions (::1) 25.54ms referer=http://localhost:8888/notebooks/Untitled4.ipynb?kernel_name=ir 
[I 20:04:04.914 NotebookApp] Creating new notebook in 
[I 20:04:05.707 NotebookApp] Kernel started: 75ef1aa5-453d-4a18-94df-eae30238c688 

Ma première pensée était d'essayer de réinstaller le noyau R (et ses dépendances), mais ces dépendances doivent être compilées à partir de leurs binaires et nécessitent Xcode (pour lesquels il n'y a pas une version bêta publique). Est-ce que quelqu'un sait d'un travail potentiel autour de cela (ou avez des idées sur où commencer à chercher)? J'essaie de comprendre si c'est quelque chose que nous pouvons résoudre nous-mêmes ou si nous devrons probablement attendre une solution officielle du groupe Jupyter. Merci d'avance.

Answer 1

J'ai réussi à obtenir ce fonctionnement. Mise à jour vers bêta foutu avec le R $ PATH ainsi que homebrew et ses dépendances. Prendre les mesures suivantes a résolu tous les problèmes que je vivais.

1) Reinstall Revolution R Open (ou votre préféré R installer J'aime RRO parce qu'il comprend le processeur Intel MKL - Math Kernel Library)

2) Fixer les autorisations Homebrew:.

$ sudo chown -R "$USER":admin /usr/local 

3) Nettoyage Homebrew Installer :

$ rm -rf /usr/local/Cellar /usr/local/.git && brew cleanup 

4) réinstaller Homebew:

$ ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)" 

5) Installation des outils de ligne de commande OS X (si pas déjà installé):

$ xcode-select --install 

6) Installation zqm:

$ brew install zmq 

7) Lancement R dans le terminal

$R 

8) Exécutez ce qui suit:

install.packages(c('rzmq','repr','IRkernel','IRdisplay'), 
       repos = c('http://irkernel.github.io/', getOption('repos')), 
       type = 'source') 
IRkernel::installspec() 

L'ouverture d'une nouvelle fenêtre de terminal et le lancement de jupyter devraient maintenant fonctionner.