Pourquoi la faute de segmentation! Lorsque je tente d'exécuter/d'utiliser le paquetage Python gensim?

Question

Je tente d'utiliser [gensim][1], un package Vector Space Modeling pour python dans certaines de mes expériences Machine Learning. J'ai suivi leurs instructions d'installation comme dit here, bien que l'installation de scipy sur mon OpenSuse 11.3 ait échoué en utilisant easy_install comme ils le recommandent, j'ai donc eu recours à l'installation à partir d'un paquet disponible sur le portail officiel de recherche de paquets here.

L'installation de scipy s'est bien passée, puis j'ai utilisé easy_install pour installer gensim comme ils le recommandent. Ce qui s'est également bien passé.

Maintenant, après l'installation, je tentais de lancer le premier exemple, ils donnent d'utiliser le package, qui commence par une humble déclaration d'importation comme suit:

from gensim import corpora, models, similarities 

Lo! Quand j'ai essayé de lancer ça dans mon interpréteur python, la chère chose s'est écrasée avec Segmentation Fault! C'est ce qui s'est passé:

>>> from gensim import corpora, models, similarities 
Segmentation fault 

Quelqu'un me sauve, car je ne sais pas d'où l'erreur pourrait provenir. Je comprends que le segfault est généralement dû à un accès illégal à la mémoire par un processus, cela pourrait-il se produire en raison de l'importation? ou une erreur dans gensim?

Pour plus d'informations, il est dit qu'après avoir installé le paquet, il peut être testé, donc je l'ai fait pour tester mon gensim, Lo! le même Segmentation Fault! Voici le ouput:

python setup.py test 
running test 
running egg_info 
writing requirements to gensim.egg-info/requires.txt 
writing gensim.egg-info/PKG-INFO 
writing top-level names to gensim.egg-info/top_level.txt 
writing dependency_links to gensim.egg-info/dependency_links.txt 
reading manifest file 'gensim.egg-info/SOURCES.txt' 
reading manifest template 'MANIFEST.in' 
warning: no files found matching '*.sh' under directory '.' 
writing manifest file 'gensim.egg-info/SOURCES.txt' 
running build_ext 
Segmentation fault 

Pour les paquets dépendants, j'ai:

>>> numpy.version.version 
'1.3.0' 

>>> scipy.version.version 
'0.8.0' 

Ok, comme demandé dans les commentaires, je l'ai fait crochet gdb à l'interprète, puis essayé à nouveau la déclaration d'importation , alors c'est ce que gDB a quand le segfault se renouvela:

(gdb) continue 
Continuing. 
Missing separate debuginfo for /usr/lib/python2.6/lib-dynload/time.so 
Try: zypper install -C "debuginfo(build-id)=da29868e88d517efc61eed319c4a87b41404f932" 
Missing separate debuginfo for /usr/lib/python2.6/lib-dynload/strop.so 
Try: zypper install -C "debuginfo(build-id)=1a5723f070198420ae565b728f267f00ae7e9885" 
Missing separate debuginfo for /usr/lib/python2.6/lib-dynload/cStringIO.so 
Try: zypper install -C "debuginfo(build-id)=d02dafc8dd403786b35ee44d946fc67461c7af34" 
Missing separate debuginfo for /usr/lib/python2.6/lib-dynload/_functools.so 
Try: zypper install -C "debuginfo(build-id)=4d3d7d73a2d7abe3d4ac45bdc07a070abde67a3b" 
Missing separate debuginfo for /usr/lib/python2.6/lib-dynload/_collections.so 
Try: zypper install -C "debuginfo(build-id)=86c7e2481ef3930f858927648d270a96ef65e0d9" 
Missing separate debuginfo for /usr/lib/python2.6/lib-dynload/operator.so 
Try: zypper install -C "debuginfo(build-id)=ecdf6c9dfbb007d3698e4108e2412b575b14c3f0" 
Missing separate debuginfo for /usr/lib/python2.6/lib-dynload/unicodedata.so 
Try: zypper install -C "debuginfo(build-id)=b84b2bd4061ce43b8fe6e7319d0e3fe90431f3f9" 
Missing separate debuginfo for /usr/lib/python2.6/lib-dynload/cPickle.so 
Try: zypper install -C "debuginfo(build-id)=0cb3d3c8e51cd264b7fc0cfd6ad6cea7da6173f1" 
Missing separate debuginfo for /usr/lib/python2.6/lib-dynload/itertools.so 
Try: zypper install -C "debuginfo(build-id)=88125d7ede2ef83a18e46901c9b7bd938d7554b9" 
Missing separate debuginfo for /usr/lib/python2.6/lib-dynload/_bisect.so 
Try: zypper install -C "debuginfo(build-id)=e872da9d2f7456947a21d6cf8ac05115da084ee0" 
Missing separate debuginfo for /usr/lib/python2.6/lib-dynload/_heapq.so 
Try: zypper install -C "debuginfo(build-id)=0c250b23be656b9984a8fbf67c232930141c6a79" 
Missing separate debuginfo for /usr/lib/python2.6/lib-dynload/math.so 
Try: zypper install -C "debuginfo(build-id)=48f975758f43cffc37703cda98615cb2daaf8a08" 
Missing separate debuginfo for /usr/lib/python2.6/site-packages/numpy/core/multiarray.so 
Try: zypper install -C "debuginfo(build-id)=adcbae28e6012eecb870c60af4805f25554c9148" 
Missing separate debuginfo for /usr/lib/python2.6/site-packages/numpy/core/umath.so 
Try: zypper install -C "debuginfo(build-id)=1087f0837567a96e6db9fadb8258f21113173f01" 
Missing separate debuginfo for /usr/lib/python2.6/site-packages/numpy/core/_sort.so 
Try: zypper install -C "debuginfo(build-id)=c70e9c08253546b727376f7643cc9b6cc796465e" 
Missing separate debuginfo for /usr/lib/python2.6/site-packages/numpy/core/scalarmath.so 
Try: zypper install -C "debuginfo(build-id)=cbc4ec89676c6072f64ae92a2917548479141eee" 
Missing separate debuginfo for /usr/lib/python2.6/site-packages/numpy/lib/_compiled_base.so 
Try: zypper install -C "debuginfo(build-id)=6f71bf761290527c07afe78736211d2393caa95e" 
Missing separate debuginfo for /usr/lib/python2.6/site-packages/numpy/linalg/lapack_lite.so 
Try: zypper install -C "debuginfo(build-id)=ac2cb74a8a055e3d58e15f4ac0012159abbf7d1a" 
Missing separate debuginfo for /usr/lib/liblapack.so.3 
Try: zypper install -C "debuginfo(build-id)=5c9cf054c3e366ea04681d3c3b1e4d1fa8b46da5" 
Missing separate debuginfo for /usr/lib/libblas.so.3 
Try: zypper install -C "debuginfo(build-id)=c7ea0a3cdf0da62f1f07f81838207e6070e86449" 
Missing separate debuginfo for /usr/lib/libgfortran.so.3 
Try: zypper install -C "debuginfo(build-id)=6889f5fdc16cb8d7cb4d5e97c59080336c2e6e01" 
Missing separate debuginfo for /lib/libgcc_s.so.1 
Try: zypper install -C "debuginfo(build-id)=ea12a9f70518dd6b807755150f1d2c6ba8550fe1" 
Missing separate debuginfo for /usr/lib/python2.6/site-packages/numpy/fft/fftpack_lite.so 
Try: zypper install -C "debuginfo(build-id)=32599ba87256834ebc65a962e4718aa1f9134b0e" 
Missing separate debuginfo for /usr/lib/python2.6/site-packages/numpy/random/mtrand.so 
Try: zypper install -C "debuginfo(build-id)=e43ddcab2e8e2961f3ab58087ac55dffa4094993" 
Missing separate debuginfo for /usr/lib/python2.6/lib-dynload/_ctypes.so 
Try: zypper install -C "debuginfo(build-id)=40cde5dd7ee47a3caac1ce1f94b6ef7fa28792ff" 
Missing separate debuginfo for /usr/lib/python2.6/lib-dynload/_struct.so 
Try: zypper install -C "debuginfo(build-id)=a5c456fe75e29e3424d7881fc05be8321fa65707" 
Missing separate debuginfo for /usr/lib/python2.6/lib-dynload/binascii.so 
Try: zypper install -C "debuginfo(build-id)=d3a2d6b38432a2b5076e238aef398cd3776bed20" 
Missing separate debuginfo for /lib/libz.so.1 
Try: zypper install -C "debuginfo(build-id)=afddd839a6c18dd308b04b5289c56cc3abd1384f" 
Missing separate debuginfo for /usr/lib/python2.6/lib-dynload/_random.so 
Try: zypper install -C "debuginfo(build-id)=683d2819c1613d54dcd68c9169fc043ecb1b5444" 
Missing separate debuginfo for /usr/lib/python2.6/lib-dynload/fcntl.so 
Try: zypper install -C "debuginfo(build-id)=aaabeb0dbb01b7a14698fd221d09fedc6de19521" 
Missing separate debuginfo for /usr/lib/libjpeg.so.8 
Try: zypper install -C "debuginfo(build-id)=5656b9563c388beee6e716dbe832ecb4480895ba" 
Missing separate debuginfo for /usr/lib/python2.6/lib-dynload/array.so 
Try: zypper install -C "debuginfo(build-id)=4e4aea1f2106d4a7a7b4dbd51199e337549b83e2" 
Missing separate debuginfo for /usr/lib/libstdc++.so.6 
Try: zypper install -C "debuginfo(build-id)=181385b3f6f58b2e13543468f07e08c5edd2cd86" 

Program received signal SIGSEGV, Segmentation fault. 
0x00000000 in ??() 

Answer 1

Vous essayez probablement d'exécuter un binaire (ou utiliser une bibliothèque 64 bits) 64 bits sur un système 32 bits.

Utilisez python -v lorsque vous exécutez la tâche qui génère l'erreur de segmentation pour voir si vous pouvez identifier où elle se trouve. Si ce n'est pas assez clair, essayez strace python au lieu de seulement python. Si la faute de segmentation apparaît juste après une tentative d'ouverture d'un fichier .so, utilisez un outil tel que file ou readelf pour connaître le nombre de bits requis par la bibliothèque binaire ou .so.

Si vous avez un Linux 686 alors tout doit être 32 bits. Si vous avez un Linux x86_64, tout devrait être 64 bits.