Ma question est la suivante: si je crée un site de migration sur le développement, dois-je également le créer manuellement via une ligne de commande sur le site de déploiement? Sinon, comment les migrations sont-elles transférées du site de développement vers le site de déploiement?Comment déployer des migrations vers un site de déploiement
Vous pouvez le faire au cours d'une publication en définissant « Execute code premières migrations » dans le profil de publication: 
Ou vous pouvez modifier votre chaîne de connexion de base de données dans votre projet sur le site de déploiement, puis exécutez Update-Database qui va s'exécuter en utilisant cette chaîne de connexion.
Vous pouvez éviter la gestion de la chaîne via le app.config (ou web.config) en nommant explicitement la chaîne de connexion comme dans cette réponse: https://stackoverflow.com/a/10724679/2347118