Comment convertir une liste avec des noms de scène non uniques en une liste (imbriquée) avec des noms uniques?

Question

J'ai une longue liste e2i, qui « cartes » rownames aux valeurs, et a double rownames:

> head(e2i) 
$`679594` 
[1] "IPR019956" 

$`679594` 
[1] "IPR019954" 

$`679594` 
[1] "IPR019955" 

$`679594` 
[1] "IPR000626" 

$`682397` 
[1] "IPR019956" 

$`682397` 
[1] "IPR019954" 

j'ai besoin de le convertir en une liste avec rownames unique, où chaque élément nommé serait une liste de (avec ou sans nom) valeurs:

> str(mylist) 
List of 2 
$ 679594:List of 3 
    ..$ : chr "IPR019956" 
    ..$ : chr "IPR019954" 
    ..$ : chr "IPR019955" 
$ 682397:List of 2 
    ..$ : chr "IPR019956" 
    ..$ : chr "IPR019954" 

Je crois qu'il existe une solution courte et élégante.

Comme pour longtemps et solution laid - je pense que je pourrais le faire avec une boucle comme ceci:

mytest = function(e2i) { 
    result = list() 
    for (e in names(e2i)) { 
      # iterate all rownames, including duplicates 
      if (e %in% names(result)) { 
        # convert existing element to a list (if not already a list), 
        # then append new value e2i[[e]] to that nested list 
      } 
      else { 
        # just add the value to the result 
        result = c(result, e2i[[e]]) 
      } 
    } 
    return(result) 
} 

Au départ, les données étaient dans une matrice, et pour mon projet de solution de boucle au-dessus j'utiliser comme entrée:

> head(entrez2interpro_matrix) 
    EntrezGene.ID Interpro.ID 
1  679594 IPR019956 
2  679594 IPR019954 
3  679594 IPR019955 
4  679594 IPR000626 
5  682397 IPR019956 
6  682397 IPR019954 

Answer 1

Avez-vous regardé le paquet reshape?

Ou tout simplement utiliser unstack():

> d 
    EntrezGene.ID Interpro.ID 
1  679594 IPR019956 
2  679594 IPR019954 
3  679594 IPR019955 
4  679594 IPR000626 
5  682397 IPR019956 
6  682397 IPR019954 
> unstack(d, Interpro.ID ~ EntrezGene.ID) 
$`679594` 
[1] "IPR019956" "IPR019954" "IPR019955" "IPR000626" 

$`682397` 
[1] "IPR019956" "IPR019954"