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J'essaie de tracer un dendrogramme avec le paquet ggraph mais, il est ok avec geom_edge_diagonal() mais pas avec geom_edge_elbow()« « direction » objet introuvable » avec dendrogramme dans le paquet de GGRAPH
paquets
library(phyloseq)
library(igraph)
library(ggraph)
Obtenir des données
Le fichier ps.rds est disponible ici
https://github.com/spholmes/F1000_workflow/tree/master/data
ps <- readRDS("ps.rds")
EdgeList <- phy_tree(ps)$edge
Tree <- graph_from_edgelist(EdgeList, directed = TRUE)
Traçage
ggraph(Tree, 'dendrogram') +
geom_edge_diagonal()
Ce code fonctionne, mais l'intrigue est pas très beau.
Et maintenant:
ggraph(Tree, 'dendrogram', circular = TRUE) +
geom_edge_elbow()
Error in FUN(X[[i]], ...) : object 'direction' not found
J'ai quelques questions:
- Pourquoi cela ne fonctionne pas yhereas cela fonctionne pour l'autre dendrogramme?
- Quelle est la direction? Dans la documentation du package, il est dit que la direction est "définie automatiquement" https://www.rdocumentation.org/packages/ggraph/versions/0.1.1/topics/geom_edge_elbow
- Puis-je trouver quelque chose d'utile pour tracer dans l'objet ps?
EDIT après F. commentaire Privé
Oui, il est possible de mélanger dendrogram et circular.
ggraph(Tree, 'dendrogram', circular = TRUE) +
geom_edge_diagonal()
Quand je joue autour de votre exemple, je reçois l'erreur « circulaire mise en page seulement applicable à l'arbre et la mise en page DAG ». Êtes-vous sûr de pouvoir utiliser 'layout = 'dendrogram'' avec' circular = TRUE'? –