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Je veux installer le paquet GenomicAlignments R, mais l'installation écrase parce qu'il ne peut pas installer l'une des dépendances qui est RCurl. Lorsque je tente d'installer RCurl seul en exécutant install.packages("RCurl"), je reçois l'erreur suivante:"libsystem_darwin.dylib" manquant après l'installation de Xcode 9
ld: file not found: /usr/lib/system/libsystem_darwin.dylib for architecture x86_64
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
make: *** [RCurl.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘RCurl’
* removing ‘/usr/local/lib/R/3.4/site-library/RCurl’
Warning in install.packages :
installation of package ‘RCurl’ had non-zero exit status
C'est le sessionInfo():
R version 3.4.2 (2017-09-28)
Platform: x86_64-apple-darwin16.7.0 (64-bit)
Running under: macOS Sierra 10.12.6
Je traced it down à Xcode défectueux 9 version que j'ai installé récemment. Donc, des idées sur la façon de résoudre ce problème? Retourner à Xcode 8.3.3 résoudrait probablement le problème, mais je n'ai aucune idée de comment faire cela.
Merci à l'avance, TP
Pour construire des paquets en général, vous n'avez pas besoin de Xcode, vous avez besoin des outils de développement (qui incluent les compilateurs) qui l'accompagnent. Même si vous installez Xcode, vous devez lui indiquer d'installer les outils de ligne de commande (il y a un élément de menu, je crois). Alternativement, vous pouvez [installer simplement CLT par eux-mêmes] (https://stackoverflow.com/q/9329243/4497050) et ne pas dépenser 11 Go de votre disque sur un IDE que vous n'utilisez jamais. – alistaire
J'ai installé des outils de ligne de commande pour Xcode 9 et j'ai toujours la même erreur. Également couru xcode-select --install (a obtenu le message que les outils de développement sont déjà installés), et a également exécuté softwareupdate --install -a (a reçu un message que tout est à jour). En supprimant Xcode 9 et en revenant à Xcode 8.3.3, nous verrons comment ça se passe. – ThePresident