extraire des fichiers sdf de pubchem correspondant à une masse monoisotopique

Question

J'essaie d'extraire les structures chimiques de la base de données pubchem au format sdf de composés correspondant à une certaine masse exacte et de l'ordre de 10ppm de cette masse exacte (exactmass-cmpndmass/exactmass) * 10^6. Existe-t-il un moyen d'y parvenir en utilisant des langages de programmation python ou java interfacés avec pubchem.

Answer 1

PubChem dispose d'une API REST pour télécharger les structures chimiques. Afin de récupérer les enregistrements composés PubChem dans une plage de masse donnée, une requête Entrez doit être lancée pour générer la liste des CID.100: 100.01 est la plage de masse pour l'exemple.

http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pccompound&usehistory=y&retmax=0&term=100:100.01[exactmass] 

vous pouvez consulter ce tutoriel Power user gateway