2012-06-02 4 views
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Je suis en train d'installer un programme appelé Qiime http://qiime.org/install/install.html et j'ai terminé l'installation des conditions préalables et la construction et l'installation selon les instructions, mais je suis bloqué parce que Python ne peut pas trouver defaultdict Counter. J'ai googlé pour installer defaultdict mais je n'ai rien trouvé. Comment installez-vous defaultdict et counter? C'est l'erreur que j'obtiens. Merciinstaller python collections

[email protected]:~/Downloads/Qiime-1.5.0/tests$ cd 
[email protected]:~$ align_seqs.py -h 
Traceback (most recent call last): 
    File "/usr/local/bin/align_seqs.py", line 15, in <module> 
    from qiime.util import parse_command_line_parameters, get_options_lookup 
    File "/usr/local/lib/python2.6/dist-packages/qiime/util.py", line 25, in <module> 
    from collections import defaultdict, Counter 
ImportError: cannot import name Counter 

[email protected]:~/Downloads/Qiime-1.5.0/tests$ python all_tests.py 
Traceback (most recent call last): 
    File "all_tests.py", line 10, in <module> 
    from qiime.util import (parse_command_line_parameters, get_options_lookup, 
    File "/usr/local/lib/python2.6/dist-packages/qiime/util.py", line 25, in <module> 
    from collections import defaultdict, Counter 
ImportError: cannot import name Counter 
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Quelle version python? –

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@Alex: Évidemment 2.6 – glglgl

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@glglgl Parfois, les gens peuvent résoudre leurs propres problèmes en pensant aux numéros de version :) –

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Ce qiime programme semble utiliser la classe Counter du module collections. Cependant, cela a été introduit avec Python 2.7 et vous utilisez Python 2.6.

La mise à jour de votre Python à 2.7 (ou l'installation de 2.7 en plus de 2.6) est la solution.