R ggplot - Impossible d'allouer un gros vecteur

Question

J'essaie de tracer un ensemble de données relativement petit, et je ne peux pas l'obtenir pour me montrer l'intrigue. Il continue à donner l'erreur Error: cannot allocate vector of size 9.7 Gb. Cela n'a pas beaucoup de sens pour moi car l'ensemble de données est plutôt petit.

> nrow(locs) 
[1] 130 
> head(locs) 
     STATION AVGTRANGE  LAT  LONG 
1: USC00286979 22.13333 40.6971 -75.2042 
2: USC00360022 21.33333 40.5361 -79.8152 
3: USC00360132 24.37037 40.5227 -78.3694 
4: USC00360140 19.80000 40.4949 -78.4667 
5: USC00360147 22.36667 41.3585 -77.9262 
6: USC00360457 20.68000 40.8209 -76.4983 

Comment je suis en train de le tracer.

gg <- ggplot(data = locs, aes(x = LONG, y = LAT)) + 
    geom_raster(aes(fill=AVGTRANGE), interpolate=TRUE) 
gg # can't allocate here 

Voici mes données dput.

> dput(locs) 
structure(list(STATION = structure(1:130, .Label = c("USC00286979", 
"USC00360022", "USC00360132", "USC00360140", "USC00360147", "USC00360457", 
"USC00360560", "USC00360656", "USC00360754", "USC00360785", "USC00360861", 
"USC00360868", "USC00361139", "USC00361212", "USC00361301", "USC00361350", 
"USC00361354", "USC00361362", "USC00361377", "USC00361480", "USC00361485", 
"USC00361705", "USC00361726", "USC00361751", "USC00361802", "USC00361810", 
"USC00361838", "USC00361920", "USC00362071", "USC00362183", "USC00362323", 
"USC00362470", "USC00362574", "USC00362721", "USC00362942", "USC00363018", 
"USC00363028", "USC00363226", "USC00363311", "USC00363321", "USC00363343", 
"USC00363417", "USC00363437", "USC00363451", "USC00363632", "USC00363665", 
"USC00363698", "USC00364214", "USC00364325", "USC00364432", "USC00364763", 
"USC00364778", "USC00364815", "USC00364839", "USC00364896", "USC00364934", 
"USC00364976", "USC00364992", "USC00365050", "USC00365109", "USC00365344", 
"USC00365573", "USC00365686", "USC00365738", "USC00365902", "USC00365918", 
"USC00366111", "USC00366151", "USC00366194", "USC00366238", "USC00366508", 
"USC00366649", "USC00366886", "USC00366921", "USC00366927", "USC00367029", 
"USC00367073", "USC00367103", "USC00367167", "USC00367186", "USC00367229", 
"USC00367409", "USC00367477", "USC00367732", "USC00367782", "USC00367863", 
"USC00367931", "USC00367938", "USC00368073", "USC00368184", "USC00368308", 
"USC00368361", "USC00368400", "USC00368449", "USC00368469", "USC00368596", 
"USC00368668", "USC00368868", "USC00368873", "USC00368888", "USC00368905", 
"USC00369298", "USC00369367", "USC00369408", "USC00369823", "USR0000PALL", 
"USW00003761", "USW00004726", "USW00004751", "USW00004787", "USW00004843", 
"USW00013739", "USW00014711", "USW00014712", "USW00014736", "USW00014737", 
"USW00014751", "USW00014762", "USW00014770", "USW00014777", "USW00014778", 
"USW00014860", "USW00054737", "USW00054782", "USW00054786", "USW00054789", 
"USW00054792", "USW00093778", "USW00094732", "USW00094823"), class = "factor"), 
    AVGTRANGE = c(22.1333333333333, 21.3333333333333, 24.3703703703704, 
    19.8, 22.3666666666667, 20.68, 23.35, 21.4333333333333, 25.75, 
    23.4333333333333, 23.6428571428571, 26.4333333333333, 27.551724137931, 
    25.3448275862069, 25.0666666666667, 26.6842105263158, 23.4444444444444, 
    29.6, 23.3, 30.2631578947368, 27.0454545454545, 25.9333333333333, 
    24.2083333333333, 27.448275862069, 28.2333333333333, 21.4666666666667, 
    24.1111111111111, 25.7333333333333, 23.8571428571429, 21.6, 
    26.08, 26.2916666666667, 27.1034482758621, 28.3666666666667, 
    27.9259259259259, 23.6, 25.7, 26.3666666666667, 26.0344827586207, 
    20.2666666666667, 23.0909090909091, 27.2727272727273, 25.9666666666667, 
    24.8214285714286, 20.2413793103448, 24.0333333333333, 20.6333333333333, 
    26.0344827586207, 22.6, 29.0333333333333, NA, 25.625, 19.0333333333333, 
    18.7666666666667, 21.0689655172414, 22, 24.1333333333333, 
    25.0333333333333, 24.0666666666667, 24.3666666666667, 20.7333333333333, 
    32.5, 26.6666666666667, NA, 22.2666666666667, 25.1333333333333, 
    27.1481481481481, 22.7, 24.4827586206897, 21.6071428571429, 
    20.8461538461538, 29.9333333333333, 17.3928571428571, 26.2666666666667, 
    23.84, 23.1481481481481, 23.8275862068966, 26.9, 26.7931034482759, 
    25.3636363636364, NA, 23.5333333333333, 27.3571428571429, 
    17.2, 24.5, 22.0666666666667, NA, 23.8333333333333, 26.5172413793103, 
    27.6551724137931, 21.2307692307692, 26.5384615384615, 19.5, 
    20.8, 25.3, 18.6666666666667, 25.2758620689655, 23.8333333333333, 
    24.3461538461538, 27.6551724137931, 25.7666666666667, 24, 
    26.0344827586207, 24.6, 28.7333333333333, 27.7, 20.1034482758621, 
    18.6071428571429, 26.1785714285714, 22.5714285714286, 22.6071428571429, 
    17.1785714285714, 19.3571428571429, 21.6071428571429, 24.4285714285714, 
    23.6071428571429, 21.6785714285714, 19.9642857142857, 25.2142857142857, 
    22.7241379310345, 23.0357142857143, 17.8928571428571, 22.2962962962963, 
    21.2857142857143, 21.8571428571429, 21, 25.6428571428571, 
    25.6071428571429, 19.4444444444444, 22.6785714285714), LAT = c(40.6971, 
    40.5361, 40.5227, 40.4949, 41.3585, 40.8209, 40.8619, 39.9355, 
    41.0072, 40.3803, 40.3916, 41.8975, 40.8415, 41.6516, 41.5217, 
    39.848, 39.9353, 41.9301, 40.1468, 41.0489, 41.1922, 39.7994, 
    39.9969, 41.3575, 41.775, 41.7391, 41.9903, 40.2258, 40.46, 
    40.1275, 41.5216, 40.4681, 40.50194, 40.0136, 40.71306, 41.1184, 
    41.4004, 39.8815, 41.5631, 40.0962, 40.5513, 40.9666, 40.2305, 
    39.78333, 40.5511, 39.77056, 40.2817, 40.5972, 41.4992, 41.6767, 
    40.0499, 40.1167, 41.4234, 40.1692, 40.3333, 40.8223, 40.9474, 
    40.5864, 41.64583, 41.131, 40.8344, 40.3391, 39.7808, 41.6725, 
    40.6475, 40.5319, 40.412, 40.61417, 40.1482, 40.075, 39.8, 
    41.9245, 39.9587, 40.8729, 40.12, 41.7394, 39.7275, 41.8157, 
    40.6515, 41.589, 40.9248, 41.3299, 41.4196, 39.8958, 40.5101, 
    40.683, 40.7831, 40.335, 40.05889, 41.05583, 39.8582, 41.8162, 
    40.5711, 40.7933, 41.40389, 41.008, 40.8532, 41.8975, 41.4792, 
    41.63, 41.7511, 41.84667, 39.89861, 41.7004, 40.0417, 41.4864, 
    39.8593, 40.31611, 41.8, 41.17833, 41.62639, 39.87327, 40.1962, 
    40.36667, 40.29639, 40.64985, 40.21722, 40.35472, 40.82056, 
    41.3336, 41.2433, 42.0803, 40.12028, 40.23833, 40.33, 41.13889, 
    41.04667, 39.91806, 40.08194, 40.4846), LONG = c(-75.2042, 
    -79.8152, -78.3694, -78.4667, -77.9262, -76.4983, -75.6428, 
    -77.2577, -76.4482, -76.0274, -79.8594, -78.7144, -79.9163, 
    -76.8463, -77.4478, -79.5898, -77.6394, -79.297, -79.8986, 
    -77.9411, -79.4361, -79.3665, -79.5963, -79.2172, -78.0417, 
    -77.971, -77.1567, -77.1894, -76.8703, -79.4058, -76.4043, 
    -78.7289, -80.0833, -78.3653, -79.5144, -75.7277, -79.8305, 
    -77.3506, -78.6014, -75.7513, -80.2167, -78.5871, -75.4354, 
    -79.9166, -75.9913, -77.0325, -76.8703, -79.1186, -80.4681, 
    -78.8036, -76.2742, -76.4333, -76.4933, -79.1411, -76.4667, 
    -75.6962, -76.8786, -77.5692, -80.425, -77.4336, -76.1352, 
    -79.8604, -79.041, -75.0641, -80.3861, -80.2172, -79.7245, 
    -79.7191, -74.953, -76.0717, -76.05, -78.0072, -75.1728, 
    -78.2161, -75.5011, -75.4465, -79.913, -78.2873, -78.5551, 
    -75.3303, -79.2825, -77.7381, -78.7493, -76.3948, -79.5459, 
    -79.6684, -76.8617, -75.313, -77.5213, -80.06, -77.4774, 
    -80.4249, -75.2781, -77.8672, -78.0183, -75.1876, -76.7891, 
    -77.1419, -79.4432, -79.693, -76.443, -79.1494, -80.1655, 
    -77.3871, -78.5278, -79.1025, -75.7861, -78.8338, -78.6333, 
    -78.8988, -80.215, -75.2267, -76.7724, -75.9666, -78.3202, 
    -75.4477, -76.8513, -79.9216, -76.8641, -75.7269, -76.9217, 
    -80.1824, -76.2944, -75.5572, -75.1225, -75.3794, -78.4116, 
    -76.8741, -75.0111, -80.2144)), .Names = c("STATION", "AVGTRANGE", 
"LAT", "LONG"), class = c("data.table", "data.frame"), row.names = c(NA, 
-130L), .internal.selfref = <pointer: 0x2a40128>, sorted = "STATION") 

Answer 1

Je ne sais pas ce que votre essayez d'atteindre avec le geom_raster, que vos données ne semble pas correspondre aux objectifs.

Tenir compte des sorties de terrain dot:

gg <- ggplot(data = locs, aes(x = LONG, y = LAT, colour = AVGTRANGE)) + 
    geom_point() 
    #geom_raster(aes(fill=AVGTRANGE), interpolate=TRUE) 
gg 

data(faithfuld) 
gg <- ggplot(faithfuld, aes(waiting, eruptions, colour = density)) + 
    geom_point() 
    #geom_raster(aes(fill = density), interpolate = TRUE) 
gg 

J'ai aussi essayé geom_contour vos données et il ne fonctionne pas:

gg <- ggplot(data = locs, aes(x = LONG, y = LAT, z = AVGTRANGE)) + 
    geom_contour() 
gg 

MISE À JOUR

J'ai vérifié le code de le geom_raster et la raison pour laquelle il essaie de créer le complot géant est que la résolution de l'intrigue est basée sur la distance minimale entre les points. Comme certains points de vos données sont très proches l'un de l'autre, la taille de la matrice est si grande.

Si vous arrondissez LAT et LONG à 2 chiffres code fonctionne.

locs$LAT <- round(locs$LAT, 0) 
locs$LONG <- round(locs$LONG, 0)