Extrait JSON imbriqué à partir de l'image R sans connaître les clés

Question

J'essaie d'extraire JSON à partir d'une colonne TSV. La difficulté est que le JSON est imbriqué superficiellement et que les valeurs de clé peuvent ne pas être présentes dans chaque ligne.

J'ai un exemple minimal pour illustrer mon point.

df <- tibble(index = c(1, 2), 
    data = c('{"json_char":"alpha", "json_list1":["x","y"]}', 
     '{"json_char":"beta", "json_list1":["x","y","z"], "json_list2":["a","b","c"]}')) 

Le résultat souhaité:

df <- tibble::tibble(index = list(1, 2), 
     json_char = list("alpha", "beta"), 
     json_list1 = list(list("x","y"), list("x","y","z")), 
     json_list2 = list(NA, list("a","b","c"))) 

Après une bonne quantité d'expérimentation, j'ai cette fonction:

extract_json_column <- function(df) { 
    df %>% 
    magrittr::use_series(data) %>% 
    purrr::map(jsonlite::fromJSON) %>% 
    purrr::map(purrr::simplify) %>% 
    tibble::enframe() %>% 
    tidyr::spread("name", "value") %>% 
    purrr::flatten_dfr() 
} 

Ce qui me donne l'erreur suivante: Error in bind_rows_(x, .id) : Argument 2 must be length 3, not 7.

La première ligne définit le nombre de paramètres pour le reste de la trame de données. Y a-t-il un moyen d'éviter ce comportement?

Answer 1

J'ai modifié votre fonction à la suivante. J'espère que ça aide.

library(tidyverse) 
library(rjson) 

extract_json_column <- function(df){ 
    df %>% 
    rowwise() %>% 
    mutate(data = map(data, fromJSON)) %>% 
    split(.$index) %>% 
    map(~.$data[[1]]) %>% 
    map(~map_if(., function(x) length(x) != 1, list)) %>% 
    map(as_data_frame) %>% 
    bind_rows(.id = "index") 
} 

extract_json_column(df) 
# A tibble: 2 x 4 
    index json_char json_list1 json_list2 
    <chr>  <chr>  <list>  <list> 
1  1  alpha <chr [2]>  <NULL> 
2  2  beta <chr [3]> <chr [3]>