Alignement de séquence multiple musculaire avec biopython?

Question

Je viens d'apprendre à utiliser python (et Biopython) donc cette question peut témoigner de mon inexpérience.

Afin de réaliser MSA de séquences dans un fichier (FileA.fasta), j'utilise le code suivant:

from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline 
inp = 'FileA.fasta' 
outp = 'FileB.fasta' 
cline = MuscleCommandline(input=inp, out=outp) 
cline() 

Je reçois l'erreur suivante:

ApplicationError 
... 
Non-zero return code 127 from 'muscle -in FileA.fasta -out FileB.fasta', message '/bin/sh: muscle: command not found' 

Je sais que cela a quelque chose à voir avec l'exécutable n'étant pas dans mon PATH de travail. Le tutoriel Biopython suggère que je mette à jour le PATH pour inclure l'emplacement de Muscle Tools et il donne un exemple de ceci pour Windows, mais je ne sais pas comment le faire pour MAC.

Aidez-nous s'il vous plaît.

Merci.

Answer 1

Assurez-vous d'abord de savoir où vous avez installé muscle. Si, par exemple, vous avez installé muscle:

/usr/bin/muscle3.8.31_i86darwin64 

vous edit /etc/paths avec:

$ sudo vi /etc/paths 

Chaque entrée est séparée par des sauts de ligne:

/usr/local/bin 
/bin 
/usr/sbin 
/sbin 

Ajouter le chemin approprié (en cet exemple /usr/bin) à la liste. Enregistrer avec wq!

Maintenant, assurez-vous que le muscle est sur votre chemin. Essayez d'exécuter

muscle -in FileA.fasta -out FileB.fasta 

Si cela fonctionne, le code BioPython devrait également fonctionner.