Besoin de résoudre ce: java.io.IOException: EAT prématuré

Question

J'essaie d'accéder au site Web uniprot pour récupérer une liste de séquences de protéines avec leurs profils en tant que fichier XML. La taille du fichier est énorme. J'utilise l'éclipse qui vient avec le paquet complet de JBPM. En outre, j'utilise ubuntu sous la boîte virtuelle. Maintenant, quand je lance mon code, je reçois ce stacktrace:

java.io.IOException: Premature EOF 
    at sun.net.www.http.ChunkedInputStream.fastRead(ChunkedInputStream.java:234) 
    at sun.net.www.http.ChunkedInputStream.read(ChunkedInputStream.java:662) 
    at java.io.FilterInputStream.read(FilterInputStream.java:116) 
    at sun.net.www.protocol.http.HttpURLConnection$HttpInputStream.read(HttpURLConnection.java:2512) 
    at edu.uga.uniprot.amna.QueryExecuter.ExecuteQuery(QueryExecuter.java:40) 
    at edu.uga.uniprot.amna.Uniprot.getProteenStringByDFamily(Uniprot.java:40) 
    at edu.uga.uniprot.amna.Uniprot.getProteensByDFamily(Uniprot.java:55) 
    at org.drools.bpmn2.Process_org_drools_bpmn2_Hello_World_0.action4(Process_org_drools_bpmn2_Hello_World_0.java:60) 
    at org.drools.bpmn2.Process_org_drools_bpmn2_Hello_World_0Action4Invoker.execute(Process_org_drools_bpmn2_Hello_World_0Action4Invoker.java:14) 
    at org.jbpm.workflow.instance.node.ActionNodeInstance.internalTrigger(ActionNodeInstance.java:47) 
    at org.jbpm.workflow.instance.impl.NodeInstanceImpl.trigger(NodeInstanceImpl.java:122) 
    at org.jbpm.workflow.instance.impl.NodeInstanceImpl.triggerConnection(NodeInstanceImpl.java:185) 
    at org.jbpm.workflow.instance.impl.NodeInstanceImpl.triggerCompleted(NodeInstanceImpl.java:150) 
    at org.jbpm.workflow.instance.node.StartNodeInstance.triggerCompleted(StartNodeInstance.java:49) 
    at org.jbpm.workflow.instance.node.StartNodeInstance.internalTrigger(StartNodeInstance.java:41) 
    at org.jbpm.workflow.instance.impl.NodeInstanceImpl.trigger(NodeInstanceImpl.java:122) 
    at org.jbpm.ruleflow.instance.RuleFlowProcessInstance.internalStart(RuleFlowProcessInstance.java:35) 
    at org.jbpm.process.instance.impl.ProcessInstanceImpl.start(ProcessInstanceImpl.java:188) 
    at org.jbpm.workflow.instance.impl.WorkflowProcessInstanceImpl.start(WorkflowProcessInstanceImpl.java:302) 
    at org.jbpm.process.instance.ProcessRuntimeImpl.startProcessInstance(ProcessRuntimeImpl.java:154) 
    at org.jbpm.process.instance.ProcessRuntimeImpl.startProcess(ProcessRuntimeImpl.java:124) 
    at org.drools.common.AbstractWorkingMemory.startProcess(AbstractWorkingMemory.java:1095) 
    at org.drools.impl.StatefulKnowledgeSessionImpl.startProcess(StatefulKnowledgeSessionImpl.java:306) 
    at com.sample.ProcessTest.main(ProcessTest.java:49) 
java.lang.RuntimeException: unable to execute Action 
    at org.jbpm.workflow.instance.node.ActionNodeInstance.internalTrigger(ActionNodeInstance.java:49) 
    at org.jbpm.workflow.instance.impl.NodeInstanceImpl.trigger(NodeInstanceImpl.java:122) 
    at org.jbpm.workflow.instance.impl.NodeInstanceImpl.triggerConnection(NodeInstanceImpl.java:185) 
    at org.jbpm.workflow.instance.impl.NodeInstanceImpl.triggerCompleted(NodeInstanceImpl.java:150) 
    at org.jbpm.workflow.instance.node.StartNodeInstance.triggerCompleted(StartNodeInstance.java:49) 
    at org.jbpm.workflow.instance.node.StartNodeInstance.internalTrigger(StartNodeInstance.java:41) 
    at org.jbpm.workflow.instance.impl.NodeInstanceImpl.trigger(NodeInstanceImpl.java:122) 
    at org.jbpm.ruleflow.instance.RuleFlowProcessInstance.internalStart(RuleFlowProcessInstance.java:35) 
    at org.jbpm.process.instance.impl.ProcessInstanceImpl.start(ProcessInstanceImpl.java:188) 
    at org.jbpm.workflow.instance.impl.WorkflowProcessInstanceImpl.start(WorkflowProcessInstanceImpl.java:302) 
    at org.jbpm.process.instance.ProcessRuntimeImpl.startProcessInstance(ProcessRuntimeImpl.java:154) 
    at org.jbpm.process.instance.ProcessRuntimeImpl.startProcess(ProcessRuntimeImpl.java:124) 
    at org.drools.common.AbstractWorkingMemory.startProcess(AbstractWorkingMemory.java:1095) 
    at org.drools.impl.StatefulKnowledgeSessionImpl.startProcess(StatefulKnowledgeSessionImpl.java:306) 
    at com.sample.ProcessTest.main(ProcessTest.java:49) 
Caused by: java.lang.NullPointerException 
    at java.io.StringReader.<init>(StringReader.java:33) 
    at edu.uga.uniprot.amna.Uniprot.loadProteenFromString(Uniprot.java:117) 
    at edu.uga.uniprot.amna.Uniprot.getProteensByDFamily(Uniprot.java:58) 
    at org.drools.bpmn2.Process_org_drools_bpmn2_Hello_World_0.action4(Process_org_drools_bpmn2_Hello_World_0.java:60) 
    at org.drools.bpmn2.Process_org_drools_bpmn2_Hello_World_0Action4Invoker.execute(Process_org_drools_bpmn2_Hello_World_0Action4Invoker.java:14) 
    at org.jbpm.workflow.instance.node.ActionNodeInstance.internalTrigger(ActionNodeInstance.java:47) 
    ... 14 more 

que peut aider comment résoudre cette erreur ou quelle cause de cela?

Voici le code qui génère l'erreur:

public static String ExecuteQuery(String queryURL, boolean writeFile) { 

    URL url; 

    try { 

     System.out.println("Strat getting Data"); 

     String output = ""; 

     int read; 

     RandomAccessFile file = null; 

     url = new URL(queryURL); 

     HttpURLConnection connection = 

       (HttpURLConnection) url.openConnection(); 



     connection.setRequestProperty("Content-Type", "application/xml"); 

     connection.connect();  



     //read the result from the server 

     if(writeFile == true) { 

      file = new RandomAccessFile(fileName, "rw"); 

     } 

     InputStream stream = connection.getInputStream(); 

     byte[] buffer = new byte[1024]; 

     BufferedReader in = new BufferedReader(new InputStreamReader(connection.getInputStream())); 



     while((read = stream.read(buffer, 0, 1024)) != -1) { 

      //System.out.println(new String(buffer)); 

      output = output + new String(buffer).substring(0, read); 

      if(writeFile == true) { 

       file.write(buffer, 0, read); 

      } 

      buffer = new byte[1024]; 

     } 

     System.out.println(output); 

     return output; 

    } catch (MalformedURLException e) { 

     // TODO Auto-generated catch block 

     e.printStackTrace(); 

    } catch (IOException e) { 

     // TODO Auto-generated catch block 

     e.printStackTrace(); 

    } 

    return null; 

} 

Answer 1

J'ai finalement résolu le problème qui semble être arrivé à cause de la lecture rapide avec une connexion lente. une fois que j'ai ajouté un System.out.println(new String(buffer)) cela fonctionne bien.

L'instruction printlnralentit l'opération de lecture et la rend compatible avec la vitesse de connexion.

Je souhaite que ceci soit utile à n'importe qui face au même problème.

Answer 2

Cette erreur est causée par vous faire passer une valeur nulle dans le nouveau StringReader() à la ligne 117 de Uniprot.java.

Vous pouvez voir cela en votre stacktrace:

Caused by: java.lang.NullPointerException 
    at java.io.StringReader.<init>(StringReader.java:33) 
    at edu.uga.uniprot.amna.Uniprot.loadProteenFromString(Uniprot.java:117) 
    at edu.uga.uniprot.amna.Uniprot.getProteensByDFamily(Uniprot.java:58) 

Le constructeur de StringReader est le suivant:

public StringReader(String s) { 
    this.str = s; 
    this.length = s.length(); // line 33 
} 

Voir plus StringReader.

Answer 3

Si vous tentez de télécharger un grand nombre d'entrées uniprot dans une connexion http, la connexion HTTP risque de mourir. Je suggère que vous jetez un oeil à http://www.uniprot.org/faq/28#retrieving_entries_via_queries et utilisez les paramètres de décalage et de limite sur votre demande http pour limiter le nombre d'entrées que vous essayez de récupérer en une seule fois.

La requête http dynamique a tendance à échouer lors du téléchargement de jeux de résultats très volumineux. L'autre option est de télécharger toutes les entrées via ftp et de travailler sur le fichier de téléchargement. Voir le UniProt FTP site