rpy2 - comment enregistrer un fichier de données sous forme de fichier RData sur le disque?

Question

Je me demande comment enregistrer une image de données pandas dans un fichier .RData, Comment puis-je enregistrer dans un RData à partir d'une base de données pandas? J'ai tout jusqu'à la dernière étape ici:

import pandas as pd 
import rpy2 
from rpy2 import robjects 
from rpy2.robjects import pandas2ri 
pandas2ri.activate() 

# load RData file 
df = pandas2ri.ri2py(robjects.r['get'](robjects.r['load'](path_to_rdata_file))) 

.... do some processing to df ... 

# save df as RData file 
r_df = pandas2ri.py2ri(df) 
?????????? 

Comment puis-je enregistrer les données sur le disque comme pandas un fichier .RData?

Answer 1

J'ai finalement compris la réponse, voici comment vous écrire .RData fichier en utilisant un dataframe de pandas géants:

premier converti dataframe à R dataframe:

r_data = pandas2ri.py2ri(df) 

Ensuite, nous devons attribuer le dataframe à une variable dans le « espace de travail de R »:

robjects.r.assign("my_df", r_data) 

Enfin, nous pouvons référencer la variable par son nom afin d'appeler lecommande:

robjects.r("save(my_df, file='{}')".format(filename)) 

Voici 2 fonctions d'aide si vous voulez lire/écrire des fichiers RDATA, mais le travail en python avec pandas géants:

# read .RData file as a pandas dataframe 
def load_rdata_file(filename): 
    r_data = robjects.r['get'](robjects.r['load'](filename)) 
    df = pandas2ri.ri2py(r_data) 
    return df 

# write pandas dataframe to an .RData file 
def save_rdata_file(df, filename): 
    r_data = pandas2ri.py2ri(df) 
    robjects.r.assign("my_df", r_data) 
    robjects.r("save(my_df, file='{}')".format(filename)) 
    os.chmod(filename, 0o777)