Comment obtenir différents éléments d'une chaîne avec la méthode count

Question

J'essaie de créer un script qui donne des informations. J'ai besoin de compter les éléments d'une liste demandée à l'utilisateur. Mais j'ai des problèmes avec certains éléments. Par exemple, étant donné une séquence d'ADN, j'ai besoin de la longueur, du nombre de nucléotides et de leur type. Par exemple, dans une séquence comme: AATTAaCCGg la sortie doit être:

Adenine = 4 (count A and a) 
Thymine = 2 
Cytosine = 2 
Guanine = 2 

C'est là où je suis coincé:

sequence = str(input('Enter DNA sequence:')) 
print ('Your sequence contain:',len(secuencia), 'bases', 'with the following structure:') 
adenine = sequence.count("A" or "a") 
thymine = sequence.count("T" or "t") 
cytosine = sequence.count("C" or "c") 
guanine = sequence.count ("G" or "g") 

print("adenine = ", adenine) 
print("thymine = ", thymine) 
print("cytosine = ", cytosine) 
print("guanine = ", guanine) 

Mais la partie sequence.count ne fait pas de distinction entre « A » et « ". J'ai essayé avec les structures "et" et "ou" mais cela ne semble pas fonctionner.

Par ailleurs, cela peut-il être résolu avec un dictionnaire comme celui-ci:

dicc = {adenine:"A" and "a", thymine:"T" and "t", 
     cytosine:"C" and "c", guanine:"G" and "g"} 

Answer 1

Il suffit de trouver séparément et résumer:

... 
adenine = sequence.count("A") + sequence.count("a") 
thymine = sequence.count("T") + sequence.count("t") 
cytosine = sequence.count("C") + sequence.count("c") 
guanine = sequence.count ("G") + sequence.count("g") 
... 

Ou faire minuscules toute chaîne, compte :

... 
sequence.lower() 
adenine = sequence.count("a") 
thymine = sequence.count("t") 
cytosine = sequence.count("c") 
guanine = sequence.count("g") 
... 

Answer 2

Vous devriez compter comme ceci. Peut-être un peu exagéré, mais c'est clair comme de l'eau.

sequence=input('Give me a DNA:') 
count_a = 0 
count_t = 0 
count_c = 0 
count_g = 0 

for each_letter in sequence.lower(): 
    if 'a' in each_letter: 
     count_a += 1 
    elif 't' in each_letter: 
     count_t += 1 
    elif 'c' in each_letter: 
     count_c += 1 
    elif 'g' in each_letter: 
     count_g += 1 

print('The counters are: \n -%s \n -%s \n -%s \n -%s \n', (count_a,count_t,count_c,count_g)) 

Answer 3

ce serait mal à adenine = sequence.count("A") + sequence.count("a")? Le or ne va pas être accepté comme argument à la fonction sequence.count. Python va évaluer or en tant qu'opérateur logique. les chaînes telles que "A" et "a" sont des valeurs "véridiques". Donc, ce qui se passe ici, c'est que vous appelez sequence.count(True), et cela ne vous donne certainement pas les résultats que vous attendez. Sans créer votre propre fonction pour compter le nombre de fois "A" ou "a" apparaît dans une chaîne, alors vous devriez traiter les valeurs retournées. Ici, ils sont des entiers, vous pouvez donc simplement les ajouter. Cela signifie que le programme doit rechercher deux fois la chaîne pour trouver les caractères, mais cela n'a pas d'importance pour un programme comme celui-ci.

Answer 4

Vous pouvez utiliser collections.Counter compter l'apparition de chaque lettre:

import collections 

sequence = input('Enter a DNA sequence: ') 
counter = collections.Counter(sequence) 
print(counter) 

Par exemple:

Enter a DNA sequence: AATTAaCCGg 
Counter({'A': 3, 'C': 2, 'T': 2, 'G': 1, 'a': 1, 'g': 1}) 

Mais si l'on considère que "A" est similaire à "un", vous pouvez ignorer le boîtier:

sequence = input('Enter a DNA sequence: ') 
counter = collections.Counter(sequence.upper()) 
print(counter) 

Vous obtenez:

Enter a DNA sequence: AATTAaCCGg 
Counter({'A': 4, 'C': 2, 'T': 2, 'G': 2})