Le paramètre PHP_INI_USER permet au développeur de définir les paramètres INI de façon programmée en utilisant ini_set() dans le code PHP. Le paramètre PHP_INI_PERDIR vous permet uniquement de placer le paramètre dans un fichier de configuration php.ini, .htaccess, httpd.conf les deux derniers sont des fichiers de configuration de serveur web.
La raison pour laquelle vous pourriez mettre un paramètre dans .htaccess est que les administrateurs système peuvent exposer la configuration du serveur Web et autoriser la configuration de PHP dans le même fichier par site Web. Le httpd.conf permet le contraire - en autorisant uniquement les administrateurs système (ou ceux qui peuvent gérer un serveur Web) à effectuer des réglages dans un fichier de configuration de serveur Web plus sécurisé.
Ils indiquent simplement où vous pouvez les changer. Certains paramètres de configuration peuvent être définis lors de l'exécution avec 'ini_set', d'autres ne le peuvent pas. Voir http://php.net/manual/fr/configuration.changes.modes.php – ceejayoz
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