glmmPQL se bloque sur l'inclusion de l'objet corSpatial

Question

Link to data (1170 obs, 9 variables, fichier .rd)

lire en utilisant readRDS(file) simplement.

J'essaie de configurer un GLMM en utilisant la fonction glmmPQL du paquet MASS incluant une partie effets aléatoires et la prise en compte de l'autocorrélation spatiale. Cependant, R (Version: 3.3.1) se bloque lors de l'exécution.

library(nlme) 

# setup model formula 
fo <- hail ~ prec_nov_apr + t_min_nov_apr + srad_nov_apr + age 

# setup corSpatial object 
correl = corSpatial(value = c(10000, 0.1), form = ~ry + rx, nugget = TRUE, 
        fixed = FALSE, type = "exponential") 
correl = Initialize(correl, data = d) 

# fit model 
fit5 <- glmmPQL(fo, random = ~1 | date, data = d, 
       correl = correl, family = binomial) 

Ce que j'essayé jusqu'à présent:

• réduire le nombre d'observation
• jeu avec corSpatial paramètres (plage et pépite)
• réduire le nombre de prédicteurs fixes
• exécuter du code sur Windows , Linux (Debian) et Mac R installations

Alors que je reçois aucun message d'erreur sur mon PC local (rstudio plante juste), l'exécution du script sur un serveur renvoie le message d'erreur suivant:

R: malloc.c:3540: _int_malloc: Assertion (fwd->size & 0x4) == 0' failed. Aborted

Answer 1

j'utiliser le paquet INLA pour modéliser ce, car il permet d'utiliser des effets aléatoires spatialement corrélés. Le code requis est un peu trop long à placer ici. Par conséquent, je l'ai placé dans un document sur http://rpubs.com/INBOstats/spde