Utiliser les variables comme paramètres d'argument dans le script qsub

Question

Je souhaite prendre un certain nombre de modèles d'un dossier et les utiliser dans un script sge pour un travail de tableau. Donc, je fais ce qui suit dans le script SGE:

MODELS=/home/sahil/Codes/bistable/models 
numModels=(`ls $MODELS|wc -l`) 
echo $numModels 

#$ -S /bin/bash 
#$ -cwd 
#$ -V 
#$ -t 1-$[numModels] # Running array job over all files in the models directory. 

model=(`ls $MODELS`) 
echo "Starting ${model[$SGE_TASK_ID-1]}..." 

Mais j'obtiens l'erreur suivante:

Unable to read script file because of error: Numerical value invalid! 
The initial portion of string "$numModels" contains no decimal number 

J'ai aussi essayé d'utiliser

#$ -t 1-${numModels} 

et

#$ -t 1-(`$numModels`) 

mais aucun de ceux-ci ne fonctionne. Toutes les suggestions/méthodes alternatives sont les bienvenues, mais elles doivent utiliser la fonctionnalité de travail de tableau de qsub.

Answer 1

Attention à Bash, #$ -t 1-$[numModels] n'est rien de plus qu'un commentaire; par conséquent, il n'applique pas d'extension de variable à numModels.

Une option est de passer l'argument -t dans la ligne de commande: retirer de votre script:

#$ -S /bin/bash 
#$ -cwd 
#$ -V 

model=(`ls $MODELS`) 
echo "Starting ${model[$SGE_TASK_ID-1]}..." 

et soumettre le script avec

MODELS=/home/sahil/Codes/bistable/models qsub -t 1-$(ls $MODELS|wc -l) submit.sh 

Si vous préférez avoir une auto script de soumission contenue, une autre option consiste à passer le contenu de l'ensemble du script via stdin comme ceci:

#!/bin/bash 
qsub <<EOT 
MODELS=/home/sahil/Codes/bistable/models 
numModels=(`ls $MODELS|wc -l`) 
echo $numModels 

#$ -S /bin/bash 
#$ -cwd 
#$ -V 
#$ -t 1-$[numModels] # Running array job over all files in the models directory. 

model=(`ls $MODELS`) 
echo "Starting ${model[$SGE_TASK_ID-1]}..." 
EOT 

Ensuite, vous créez ou exécutez ce script directement pour soumettre votre tableau de travail (./submit.sh plutôt que qsub submit.sh car la commande qsub fait partie du script.