Erreur lors de l'utilisation de la fonction calc(): impossible d'utiliser cette fonction

Question

J'ai besoin d'exécuter des calculs sur de grands rasters multi-bandes et d'exporter un RasterBrick, et j'essaie de le faire en utilisant la fonction calc() dans le paquetage raster, à des fins de mémoire Efficacité. La fonction fonctionne très bien lui-même, mais lorsque je tente de l'inclure dans calc(), je continue à obtenir cette erreur:

Error in .calcTest(x[1:5], fun, na.rm, forcefun, forceapply) : cannot use this function

Comment puis-je faire ce travail?

Code simplifié:

fn = system.file("external/test.grd", package="raster") 
s = stack(fn, fn, fn, fn) 

out = calc(s, fun = function(x){ 
    for (i in 1:nlayers(x)){ 
    x[[i]] = x[[i]] - cellStats(x[[i]], "min") 
    x[[i]] = x[[i]]* 5 
    } 
    list = unstack(x) 
    out = brick(list) 
    return(out) 
} 
) 

Error in .calcTest(x[1:5], fun, na.rm, forcefun, forceapply) : 
    cannot use this function 

Answer 1

De calc aide:

For large objects calc will compute values chunk by chunk. This means that for the result of fun to be correct it should not depend on having access to all values at once. For example, to scale the values of a Raster* object by subtracting its mean value (for each layer), you would not do, for Raster object x:

calc(x, function(x)scale(x, scale=FALSE))

Because the mean value of each chunk will likely be different. Rather do something like

m <- cellStats(x, 'mean')

x - m

donc, votre fonction, même si cela a fonctionné, vous donnerait probablement des résultats incorrects. Je ne suis pas entièrement sûr pourquoi la fonction ne fonctionne pas, cependant: peut-être il y a un contrôle interne dans calc pour éviter l'utilisation de cellStats.

Pour faire "votre" calcul, cependant, vous pouvez utiliser simplement:

out = s 
for (i in 1:nlayers(s)) { 

    out [[i]] = (s [[i]] - cellStats(s[[i]], 'min', na.rm = T))*5 

}