Je recherche une bibliothèque C++ simple pour extraire des coordonnées atomiques d'un fichier pdb. La plupart des gens que j'ai rencontrés en font trop pour mes besoins simples, ce qui les rend inutilement complexes.Bibliothèque PDB simple
Il a été années depuis que j'ai utilisé n'importe quoi pour faire cela, et j'ai seulement utilisé des bibliothèques python. (J'ai eu un emploi d'été à l'APB à l'université Rutgers).
Je pense que ce que vous voulez utiliser est OEChem pour C++ (c'est Open Eye ... il y a aussi une librairie python).
L'autre bibliothèque python dont je me souviens est pymmlib (Python Macromolecular Library). Il pourrait aussi être disponible pour C++, mais je pense que c'est un logiciel propriétaire, donc vous auriez besoin d'une licence.
Je voudrais me souvenir plus ... J'espère que cela aide. Je ne pense pas qu'il y aura une solution légère, sauf si vous voulez le coder vous-même.
Merci, OEChem a l'air mieux que tout ce que j'ai trouvé. Bien que le long processus d'obtention d'une licence académique me décourage. J'ai jeté mon propre code pour faire ce que je veux pour l'instant, mais je préférerais trouver une bibliothèque/boîte à outils appropriée pour la fiabilité. – marcog
ESBTL (Bibliothèque de modèles de biologie structurelle facile) (http://esbtl.sourceforge.net/) est une bibliothèque assez récente qui est probablement idéale pour vos besoins. Il est très léger en lui-même (en-têtes uniquement), bien qu'il dépende de la bibliothèque Boost, ce qui peut ou non vous rebuter.
Le résumé du document décrivant se trouve ici: (http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/26/8/1127.abstract)
Je suppose que vous parlez de fichiers de base de données de protéines ici –
Oui, c'est correct. – marcog