Erreur dans breseq pendant l'exécution bowtie2

Question

J'ai récemment essayé d'utiliser breseq pour analyser quelques données de séquençage bactérien. Cependant, j'ai eu une erreur fatale lorsque breseq utilisé bowtie2 pour aligner les données brutes sur le génome de référence.

Voici la partie critique de l'erreur que je suis:
+++ NOW PROCESSING Read alignment to reference genome [system] bowtie2-build -q test_breseq/data/reference.fasta test_breseq/02_reference_alignment/reference [system] bowtie2 -t -p 4 --local -L 31 --ma 1 --mp 3 --np 0 --rdg 2,3 --rfg 2,3 --ignore-quals -k 2000 -i S,1,0.25 --score-min L,0,0.9 --reorder -x test_breseq/02_reference_alignment/reference -U test_breseq/01_sequence_conversion/MRSA_10C.1.converted.fastq -S test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.sam --un test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.unmatched.fastq Error: the match penalty is greater than 0 (1) but the --score-min function can be less than or equal to zero. Either let the match penalty be 0 or make --score-min always positive. Error: Encountered internal Bowtie 2 exception (#1) Command: /usr/bin/bowtie2-align-s --wrapper basic-0 -t -p 4 --local -L 31 --ma 1 --mp 3 --np 0 --rdg 2,3 --rfg 2,3 --ignore-quals -k 2000 -i S,1,0.25 --score-min L,0,0.9 --reorder -x test_breseq/02_reference_alignment/reference --passthrough -U test_breseq/01_sequence_conversion/MRSA_10C.1.converted.fastq (ERR): bowtie2-align exited with value 1 !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!> FATAL ERROR <!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! Error running command: [system] bowtie2 -t -p 4 --local -L 31 --ma 1 --mp 3 --np 0 --rdg 2,3 --rfg 2,3 --ignore-quals -k 2000 -i S,1,0.25 --score-min L,0,0.9 --reorder -x test_breseq/02_reference_alignment/reference -U test_breseq/01_sequence_conversion/MRSA_10C.1.converted.fastq -S test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.sam --un test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.unmatched.fastq Result code: 256 FILE: libbreseq/common.h LINE: 1384 !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!

Toute l'étape avant de lancer bowtie2 (samtools, conversion FASTQ) a travaillé normalement. Selon l'erreur, c'était à cause de la fonction score-min, qui a 0 comme score minimum (--score-min L,0,0.9). La commande pour bowtie2 a fonctionné individuellement quand j'ai changé la fonction à --score-min L,0.1,0.9 (0 est remplacé par 0.1). Mais il semble que cette partie ait été codée en breseq elle-même (n'était-ce pas?).

quelques détails au sujet de mon problème:
- La commande pour l'exécution breseq était: breseq -o OUTPUT_DIR -j 4 -r REFERENCE.fastq RAWDATA.1.FASTQ.GZ RAWDATA.2.FASTQ.GZ
- Type de données brutes: MiSeq (150x2)
- 's Version: 2.3.0
- breseq' bowtie2 s version: 0.29.0
- OS: Linux 16.04 LTS
- Les tests ont également rencontré une erreur similaire.

Est-ce un bug ou je l'ai juste mal utilisé? J'apprécierais tous les commentaires ou recommandations.

Answer 1

C'est correct. Cette erreur est provoquée par un changement dans la nouvelle version de bowtie2 (2.3.0) pour interdire les options que breseq utilise pour l'appeler.

La prochaine version de breseq mettra à jour ses options pour être compatible avec le nouveau nœud papillon2. Je devrais libérer ceci dans une semaine ou deux. Ce code est déjà vérifié dans le dépôt GitHub si vous voulez construire à partir de cela et utiliser Bowtie 2.3.0. Vous pouvez également utiliser temporairement la version 2.2.9 de bowtie2 avec la version actuelle de breseq.