R haut graphique par rapport à la date de naissance

Question

J'ai un groupe de personnes, avec un fichier texte séparé par un espace pour chaque personne. Dans ces fichiers, la valeur de droite indique la hauteur de cette personne cm et la valeur de gauche indique la date à %d/%m/%Y Format:

09/05/1992 0 
17/03/1993 50 
02/08/1994 65.5 
03/12/1995 72 

Une hauteur de 0 marque la date de naissance de la personne.

Ce script R dessine un graphique des hauteurs de John et Amy et délivre en sortie au format PDF:

pdf("Heights.pdf") 

john <- read.table("John",sep="") 
names(john) <- c("time","height") 
jt <- strptime(john$time, "%d/%m/%Y") 
jh <- john$height 

amy <- read.table("Amy",sep="") 
names(amy) <- c("time","height") 
at <- strptime(amy$time, "%d/%m/%Y") 
ah <- amy$height 

plot(jt,jh,type="b",pch=20,col="red", 
xlab="Date",ylab="Height", 
ylim=c(min(jh,ah),max(jh,ah))) 
points(at,ah,type="b",pch=20,col="green") 
title("Heights") 

Comment puis-je étendre ce script:

• graphique tous les fichiers dans le répertoire actuel se terminant par .heights? Faire le graphique relatif à la date de naissance de chaque personne?

Answer 1

Je pense que cela va le faire. Le tracé avec ggplot est le moyen le plus simple d'y aller. Vous pouvez améliorer l'intrigue à partir de là.

# Get all the files ending with .heights 
filelist <- list.files(pattern = "\\.heights") 

# Get all the data. Put into a single data.frame 
# Assuming that you don't have thousands of 
# files/measurements, rbind()ing shouldn't be too slow. 
df <- data.frame(person = character(), 
       dates = character(), 
       height = numeric()) 

# Iterate through, collecting the data into a data.frame 
for (fname in filelist){ 
    x <- read.table(fname, sep="", as.is = TRUE) 
    person <- gsub("\\.heights", "", fname) 
    names(x) <- c("dates", "height") 
    df <- rbind(df, data.frame(person = rep(person, times = nrow(x)), 
          dates = x$dates, 
          height = x$height)) 
} 

# Convert dates to POSIXct 
df$dates <- strptime(as.character(df$dates), "%d/%m/%Y") 
df$dates <- as.POSIXct(df$dates) 

# Plot with qplot 
require(ggplot2) 
pdf("Heights.pdf") 
qplot(dates, height, data = df, color = person) 
dev.off() 

# Plot with base graphics 
pdf("Heights_2.pdf") 
plot(df$dates, df$height, col = as.numeric(df$person)) 
dev.off()