Comment utiliser ggplot pour tracer le regroupement T-SNE

Question

est ici le code t-SNE à l'aide des données IRIS:

library(Rtsne) 
iris_unique <- unique(iris) # Remove duplicates 
iris_matrix <- as.matrix(iris_unique[,1:4]) 
set.seed(42) # Set a seed if you want reproducible results 
tsne_out <- Rtsne(iris_matrix) # Run TSNE 


# Show the objects in the 2D tsne representation 
plot(tsne_out$Y,col=iris_unique$Species) 

qui produit cette parcelle:

Comment puis-je utiliser GGPLOT pour faire ce chiffre?

Answer 1

Je pense que le moyen le plus simple/le plus propre ggplot serait de stocker toutes les informations dont vous avez besoin dans un data.frame et ensuite le tracer. À partir de votre code collé ci-dessus, cela devrait fonctionner:

library(ggplot2) 
tsne_plot <- data.frame(x = tsne_out$Y[,1], y = tsne_out$Y[,2], col = iris_unique$Species) 
ggplot(tsne_plot) + geom_point(aes(x=x, y=y, color=col)) 

Mon terrain en utilisant la fonction plot régulière est:

plot(tsne_out$Y,col=iris_unique$Species)