chaînes d'une chaîne en python

Question

j'ai cette chaîne

str = CTGGCATAACAAGACAAAAACAAAAGCAATAAATGCTGAAAAAACAAAATGCCGTGATCGTTTGTAATACTGGAACATAGTCATGATGAATGAAGGTTTCTGAACCTGAAGAACGACCTGAAAAAGTCAAACCGCAAGAATATCACGACGCAGTGAACCAGAATAGCAACGACGAAAATGTCCAGGAAAAATCCTGGAGTCAGATTCAGGGTTATTCGTTAGTGGCAGGATTACGAAGCGTGGGGCACAGGAGATACATCTCCAGTAAGATGGCAACGTAATCGCGGGCTTCTTTTTTAAGATCAAAAGATTGCGGGGCAAAGAGCCAGTTTTCCATCAGGCCGGAAATATAGCCGCGCATAATAATTGCTGCGCGACGCGTCATTAAATCCGCAGGCAACATTTTCGCTTCAATACAATGTTTTAACGTTTGTTCTATACGGTCATAACTTTCCAGACAGAGATTACGTTGTGCCTGTTGCACAACAGCCATTTCTCCGACAAATTCGCATTTGTGGAATATAATCTCCATCAATAATCGACGCCGTTCTTCTGTCACCGTGGATTCAAGAACATGAATTAATATCTCTCTTAATACTGAGAGTGGATCGCCAGGGAATTTTGCCTGATACTCAAGCTCTAGTTCACCAATATTGGATTCTGACAGTTCCCAGATCTCACTGAACAAATCCGACTTGTCTTTAAAATGCCAGTAGATTGCACCGCGCGTAACGCCAGCTGCTTTTGCAATCTCGCCCAGCGAGGTGGATGATACCCCCTGCTGTGAGAAAAGACGTAGAGCCACATCGAGGATGTGTTGGCGCGTTTCTTGCGCTTCTTGTTTGGTTTTTCGTGCCATATGTTCGTGAATTTACAGGCGTTAGATTTACATACATTTGTGAATGTATGTACCATAGCACGACGATAATATAAACGCAGCAATGGGTTTATTAACTTTTGACCATTGACCAATTTGAAATCGGACACTCGAGGTTTACATA 

Je voudrais couper cette chaîne dans plusieurs sous-chaînes comme str [00:19] str [01:20] str [02:21] str [3:22] ..... etc jusqu'à la fin.

Answer 1

chopped_str = [] 
for i in range(0, len(str)-19): 
    chopped_str.append(str[i:i+19]) 

Answer 2

Utilisez le découpage de la chaîne:

>>> strs = "CTGGCATAACAAGACAAAAACAAAAGCAATAAATGCTGAAAAAACAAAATGCCGTGATCGTTTGTAATACTGGAACATAGTCATGATGAATGAAGGTTTCTGAACCTGAAGAACGACCTGAAAAAGTCAAACCGCAAGAATATCACGACGCAGTGAACCAGAATAGCAACGACGAAAATGTCCAGGAAAAATCCTGGAGTCAGATTCAGGGTTATTCGTTAGTGGCAGGATTACGAAGCGTGGGGCACAGGAGATACATCTCCAGTAAGATGGCAACGTAATCGCGGGCTTCTTTTTTAAGATCAAAAGATTGCGGGGCAAAGAGCCAGTTTTCCATCAGGCCGGAAATATAGCCGCGCATAATAATTGCTGCGCGACGCGTCATTAAATCCGCAGGCAACATTTTCGCTTCAATACAATGTTTTAACGTTTGTTCTATACGGTCATAACTTTCCAGACAGAGATTACGTTGTGCCTGTTGCACAACAGCCATTTCTCCGACAAATTCGCATTTGTGGAATATAATCTCCATCAATAATCGACGCCGTTCTTCTGTCACCGTGGATTCAAGAACATGAATTAATATCTCTCTTAATACTGAGAGTGGATCGCCAGGGAATTTTGCCTGATACTCAAGCTCTAGTTCACCAATATTGGATTCTGACAGTTCCCAGATCTCACTGAACAAATCCGACTTGTCTTTAAAATGCCAGTAGATTGCACCGCGCGTAACGCCAGCTGCTTTTGCAATCTCGCCCAGCGAGGTGGATGATACCCCCTGCTGTGAGAAAAGACGTAGAGCCACATCGAGGATGTGTTGGCGCGTTTCTTGCGCTTCTTGTTTGGTTTTTCGTGCCATATGTTCGTGAATTTACAGGCGTTAGATTTACATACATTTGTGAATGTATGTACCATAGCACGACGATAATATAAACGCAGCAATGGGTTTATTAACTTTTGACCATTGACCAATTTGAAATCGGACACTCGAGGTTTACATA" 
>>> substrings = [strs[i:i+19] for i in xrange(len(strs))] 
>>> substrings 
['CTGGCATAACAAGACAAAA', 'TGGCATAACAAGACAAAAA', 'GGCATAACAAGACAAAAAC',...] 

Answer 3

Si vous recherchez d'extraire toutes les séquences de 19 nucléotides de la chaîne ce sera le faire:

>>> SEQ_LEN = 20 
>>> [strs[i:i+SEQ_LEN] for i in xrange(len(strs)-SEQ_LEN)] 

Cependant, il est peu mémoire efficace puisque si produira la liste de toutes les sous-séquences. Pourquoi est-ce?

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Une autre approche pour le traitement de chaque sous-séquence de nucléotides N pourrait être:

for seq in (strs[i:i+SEQ_LEN] for i in xrange(len(strs)-SEQ_LEN)): 
    do_something_with(seq) 

Pour votre problème, do_something_with sera la plupart du temps mise à jour le PWM avec les positions de nucléotides. Si vous avez des difficultés avec cela, n'hésitez pas à poster une autre question;)