Recherche de motif dans la séquence protéique?

Question

J'ai écrit le script suivant pour rechercher un motif (sous-chaîne) dans une séquence de protéines (chaînes). Je suis débutant et écrire cela a été difficile pour moi. J'ai deux questions concernant la même chose: 1. Erreurs: Le script suivant a quelques erreurs. Je suis là depuis assez longtemps maintenant mais n'ai pas compris quoi et pourquoi? 2. Le script suivant a été écrit pour rechercher un motif (sous-chaîne) dans des séquences de protéines (chaînes). Ma tâche suivante consiste à rechercher de multiples motifs dans un ordre spécifique (ex: motif1 motif de motif2 3 motif4 cet ordre ne peut pas être changé) dans les mêmes séquences de protéines (chaînes)

 use strict; 
     use warnings; 

     my @file_data=(); 
     my $motif =''; 
     my $protein_seq=''; 
     my $h= '[VLIM]'; 
     my $s= '[AG]'; 
     my $x= '[ARNDCEQGHILKMFPSTWYV]'; 
     my $regexp = "($h){4}D($x){4}D"; #motif to be searched is hhhhDxxxxD 
     my @locations=(); 

     @file_data= get_file_data("seq.txt"); 

     $protein_seq= extract_sequence(@file_data); 

    #searching for a motif hhhhDxxxxD in each protein sequence in the give file 

     foreach my $line(@file_data){ 
     if ($motif=~ /$regexp/){ 
     print "found motif \n\n"; 
     } 
     else { 
     print "not found \n\n"; 
     } 
     } 
#recording the location/position of motif to be outputed 

     @locations= match_position($regexp,$seq); 
     if (@locations){ 
     print "Searching for motifs $regexp \n"; 
     print "Catalytic site is at location:\n"; 
     } 
     else{ 
     print "motif not found \n\n"; 
     } 
     exit; 

     sub get_file_data{ 
     my ($filename)=@_; 
     use strict; 
     use warnings; 
     my $sequence=''; 

     foreach my $line(@file_data){ 

     if ($line=~ /^\s*$/){ 
     next; 
       } 
     elsif ($line=~ /^\s*#/){ 
     next; 
     } 
     elsif ($line=~ /^>/){ 
     next; 
     } 
     else { 
     $sequence.=$line; 
     } 
     } 
     $sequence=~ s/\s//g; 
     return $sequence; 
     } 

     sub(match_positions) { 
     my ($regexp, $sequence)=@_; 
     use strict; 
     my @position=(); 
     while ($sequence=~ /$regexp/ig){ 
     push (@position, $-[0]); 
     } 
     return @position; 
     } 

Answer 1

1. Tout d'abord, le mot-clé est elsif, en second lieu, vous n'en avez pas besoin. Vous pouvez compresser le code dans la boucle get_file_data à:

   next if $line =~ /^\s*$|^>/; 
   $sequence .= $line; 
   

   Tant que vous allez utiliser des expressions régulières - à moins que trop difficile à manier - vous pouvez rechercher aussi bien pour tous les cas que vous voulez ignorer . Si vous trouvez ce second cas réel, vous pouvez l'ajouter comme un autre alternance. Supposons que vous vouliez exclure les lignes commençant par #-. Ensuite, vous suffit d'ajouter dans comme ceci: /^\s*$|^>|^#-/

2. Une autre chose est que doit avoir la @ Sigil, avant la position, ou autre, perl pense que vous essayez de bidouilles avec un appel à position().

3. Vous devez les modifications suivantes:

   my $h= '[VLIM]'; 
   my $s= '[AG]'; 
   my $x= '[ARNDCEQGHILKMFPSTWYV]'; 
   

   Sinon, vous êtes juste à l'attribution $h à une référence de tableau avec une seule fente peuplée de toutes celles qui seraient de retour de la sous VLIM.

4. Troisièmement, n'utilisez pas $&. Remplacer pos($sequence)-length($&)+1

   push @positions, $-[0]; 
   

   ou mieux encore, utilisez English:

   use English qw<-no_match_vars>; 
   ... 
   push @positions, $LAST_MATCH_START[0]; 
   

5. je suggère ce qui suit pour la lecture du fichier:

   use IO::File; 
   ... 
   # Use real file handles 
   my $fh = IO::File->new("<seq.txt"); 
   get_file_data($fh); # They can be passed 
   ... 
   sub get_file_data{ 
       my $file_handle = shift; 
       ... 
       # while loop conserves resources 
       while (my $line = <$file_handle>) { 
        next if $line =~ /^\s*$|^>/; 
        $sequence .= $line; 
       } 
   

6. Une suggestion pour aller de l'avant - il m'aide immensément:

   A. Installer Smart::Comments

   B. Mettre cela en haut de votre script:

   use Smart::Comments; 
   

   C. Chaque fois que vous n'êtes pas sûr de ce que vous avez à ce jour, comme si vous vouliez voir le contenu actuel de $sequence, placez ce qui suit dans le code:

   ### $sequence 
   exit 0; 
   

   juste le montrer et la sortie.Lorsque vous obtenez trop d'impressions, supprimez-les.

Answer 2

• Utilisez "ELSIF" au lieu de "elseif".
• Est-ce que @file_data et @fasta_file_data sont censés être la même chose?

En match_positions:

• Retirez les parenthèses autour du nom sous.
• Remplacez "ma position" par "ma @position".
• Remplacez le motif de/regexp/ig par/$ regexp/ig.