R - Emballage végétalien. metaMDS erreur

Question

Je voudrais savoir pourquoi im obtenir cette erreur en cours d'exécution metaMDS:

'comm' a données négatives: 'autotransform', 'NOSHARE' et 'set' wascores de FAUX

Je voudrais faire des graphiques de NMDS et de dendogramme mais peut le faire avec l'erreur ci-dessus.

Mon jeu de données est disponible au téléchargement si quelqu'un veut vérifier DATASET. Après avoir importé les données, j'ai transposé la colonne et les lignes. Après quoi, j'ai remplacé les valeurs NA par O avant d'essayer d'exécuter MetaMDS.

abundance <- read.table("1_abundance.txt", header = TRUE)   
    abundance[is.na(abundance)] <- 0 
    abundance_trans <- t(abundance) 
    metaMDS(abundance_trans, distance = "bray", k = 2, trymax = 50) 

Answer 1

1. Il n'est pas un message d'erreur, mais l'information: metaMDS vous dit que vous avez des entrées de données négatives, et il ne fera pas quelques trucs que par défaut de le faire avec des données non-négatives.
2. Le deuxième problème est que vous demandez des dissimilarités de Bray-Curtis qui ne sont applicables qu'avec des données non négatives.

Vous avez deux possibilités: soit prendre soin des valeurs négatives, ou utiliser une mesure de dissimilarité que vous pouvez gérer. Si vous pensez que vous n'avez pas de données négatives, vous avez tort: ​​l'ordinateur sait. Vous pouvez avoir une erreur lors de la lecture de vos données, et vous pouvez avoir des colonnes ou des lignes que vous ne devriez pas avoir. Vérifiez vos données.