Le tracé de silhouette ne fonctionne pas pour plus de 200 lignes de données

Question

J'essaie de tracer la silhouette pour mes k-means, en utilisant brillant. Ci-dessous le morceau de code:

dissE <- daisy(pima_diabetes_kmean[, c(input$models_to_consider)]) 
dE2 <- dissE^2 
sk2 <- silhouette(k.means.fit.knn()$cl, dE2) 
plot(sk2) 

Il en résulte l'intrigue suivante, où les clusters sont manquants:

Cependant, si je change le code à utiliser seulement 200 lignes de données (ou utilisez window()), cela fonctionne. Mais je ne veux pas mes résultats dans une fenêtre séparée, car j'utilise brillant. Je veux que les résultats soient sur la même page, où le reste des résultats sont.

dissE <- daisy(pima_diabetes_kmean[1:200, c(input$models_to_consider)]) 
dE2 <- dissE^2 
sk2 <- silhouette(k.means.fit.knn()$cl[1:200], dE2) 
plot(sk2) 

Answer 1

J'ai eu le même problème. Je l'ai exporté dans un fichier pfd et ensuite vous pouviez voir toutes les observations de leur largeur. Le nombre maximum d'observations que j'ai essayé était 1148 et cela a fonctionné.