arguments de regroupement dans tidyverse: Bin par nombre consécutif de niveaux dans une variable avec des niveaux manquants

Question

J'ai un dataframe avec des données mensuelles month sur le parasitisme herbivore result pour différents types d'ordre parasitoïde « de psitorder » avec des niveaux « hyménoptères » ou « diptères » . Le résultat est soit "p" pour un herbivore parasité, "a" si l'herbivore est devenu adulte, soit il n'y a pas de données "" parce que l'herbivore est mort en captivité.

df<-data.frame(month= c(rep(1, each=8), rep(2, each=6), 
        rep(3, each=6), rep(4, each=8), 
        rep(5,each=6),rep(6, each=6), 
        rep(8,each=6),rep(9, each=6)), 
       result= c(rep("p",each=3),rep("a",each=3), 
        rep("",each=2),rep("p",each=3),rep("a",each=2), 
        rep("",each=1),rep("a",each=3),rep("",each=3), 
        rep("p",each=3),rep("a",each=3),rep("",each=2), 
        rep("p",each=3),rep("a",each=2), 
        rep("",each=1),rep("a",each=3),rep("",each=3), 
        rep("p",each=3),rep("a",each=3),rep("",each=2),   
        rep("a",each=4)), 
       psitorder=c(rep("Hymenoptera",each=2), 
        rep("Diptera",each=1),rep("",each=5), 
        rep("Hymenoptera",each=1),rep("Diptera",each=3), 
        rep("",each=2),rep("",each=6), 
        rep("Hymenoptera",each=2),rep("Diptera",each=1), 
        rep("",each=5),rep("Hymenoptera",each=1), 
        rep("Diptera",each=3),rep("",each=2), 
        rep("",each=6),rep("Hymenoptera",each=2), 
        rep("Diptera",each=1),rep("",each=9))) 

Je voudrais groupe par la variable month, cependant, je dois groupe par tous les 3 mois consécutifs de données. Ici, dans cet exemple, month 1,2,3 serait groupé et mois 4,5,6, et pour le mois 7,9, je devrais ajouter le mois manquant 8 de sorte que les lignes consécutives continuent d'être utilisées pour calculer psit_freq.

Une fois groupé, je veux calculer psit_freq en utilisant la méthode ci-dessous.

J'ai essayé:

output %>% 
group_by(month+3) %>% 
mutate(complete(continuous_month= seq(min(continuous_month), 
max(continuous_month), 1L))%>% 
summarise(hym_freq = sum(psitorder == 'Hymenoptera')/sum(result %in% c('p', 'a')), 
      dip_freq = sum(psitorder == 'Diptera')/sum(result %in% c('p', 'a'))) 

La sortie ressemblerait à ceci:

output<- data.frame(group= c("1", "2", "3"), hym_psit= c(3/14, 
     3/14,2/10), dip_psit= c(4/14,4/14,1/10)) 

Answer 1

Nous créons une variable de regroupement avec %/%

data_frame(month = 1:9) %>% 
     full_join(., df) %>% 
     group_by(group = (month-1)%/%3 + 1) %>% 
     summarise(hym_freq = sum(psitorder == 'Hymenoptera', na.rm = TRUE)/sum(result %in% c('p', 'a'), na.rm = TRUE), 
      dip_freq = sum(psitorder == 'Diptera', na.rm =TRUE)/sum(result %in% c('p', 'a'), na.rm = TRUE)) 
# A tibble: 3 x 3 
# group hym_freq dip_freq  
# <dbl>  <dbl>  <dbl> 
#1  1 0.2142857 0.2857143 
#2  2 0.2142857 0.2857143 
#3  3 0.2000000 0.1000000