Passer un chemin de fichier à une fonction R?

Question

J'ai essayé de passer un chemin de fichier à une fonction dans R, mais j'ai échoué =/J'espère que quelqu'un ici peut m'aider.

>heat <- function(filepath) 
{ chicks <- read.table(file=filepath, dec=",", header=TRUE, sep="\t") 
... 
} 

Quand j'appelle la fonction, rien ne se passe ...

>heat("/home/.../file.txt") 

... et "poussins" ne se trouve pas

>chicks 
Error: Object 'chicks' not found 

Quelle est la bonne façon de passer un chemin d'accès à une fonction?

Answer 1

Vous devriez être en mesure de transmettre des chemins de fichier comme vous avez (si le fichier existe). Vous pouvez également interroger les chemins de fichier dans R en utilisant list.files() [utilisez l'argument full.names=TRUE]. Cependant, dans ce cas, je crois que vous ne pouvez pas voir chicks parce qu'il est local à la fonction de sorte que vous ne serez pas en mesure de voir cette variable en dehors de la fonction. De plus, si votre dernière expression est une affectation, je crois que la sortie n'est pas imprimée. Essayez

> heat <- function(filepath) { 
+ read.table(file=filepath, dec=",", header=TRUE, sep="\t") 
+ } 
> heat("/home/.../file.txt") 

ou

> chicks <- heat("/home/.../file.txt") 
> chicks 

et vous devriez voir chicks. Ou si vous voulez le voir imprimé tout en attribuant, ajouter des parenthèses autour de la déclaration:

> (chicks <- heat("/home/.../file.txt")) 

Si vous souhaitez attribuer à chicks au sein de la fonction, mais voir encore une fois la fonction terminée,

> heat <- function(filepath) { 
+ chicks <- read.table(file=filepath, dec=",", header=TRUE, sep="\t") 
+ assign("chicks",chicks,globalenv()) 
+ } 

Answer 2

également lorsque vous travaillez avec des chemins, il est souvent utile de vérifier si le fichier/dossier existe:

heat <- function(filepath){ 
    if(!file.exists(filepath)){ 
     stop(sprintf("Filepath %s does not exist",filepath)) 
    } 
    ... 
} 

Dans l'exemple ci-dessus, cependant, read.table donnera un message d'erreur si le fichier n'existe pas.

Answer 3

La fonction ne peut pas savoir ce que vous essayez de produire. Si vous ne le spécifiez pas, la sortie sera la dernière ligne viable, ce qui peut ne pas toujours être ce que vous voulez. Utilisez return() pour spécifier ce qui devrait apparaître en tant qu'objet.

heat <- function(filepath) { 
chicks <- read.table(file=filepath, dec=",", header=TRUE, sep="\t") 
... 
return(chicks) 
} 

inpt <- heat("/.../file.txt") 

Est-ce que cela aide votre problème?